用户指南（基因平台） 欢迎使用 医疗智能体 服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选 修订记录

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基因查询优化器 介绍基因查询优化器相关的参数。基因查询优化器（GEQO）是一种启发式的查询规划算法。这个算法减少了对复杂查询规划的时间，而且生成规划的开销有时也小于正常的详尽的查询算法。 geqo 参数说明：控制基因查询优化的使用。 参数类型：USERSET 取值范围：布尔型 on表示使用。

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工具（Tool） 工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用，基因容器提供了大量的公共工具，同时用户可以制作自定义工具，这些工具都存放在测序仓库中。 执行结果（Execution） 基因计算流程的某次执行过程。 容器镜像 容器镜像是一个应用的快照。例

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AI基因组研究 父主题： 图解医疗智能体

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产品功能 基于华为云整体产品规划，基因领域将统一由 EIHealth 为入口承接，后续G CS 会考虑逐渐下线。详见最新动态。 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因解决方案，支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数

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bioavailability 20%，人体口服生物利用度。大于20%为（F20%+），小于20%为（F20%-）。 结果解释：预测值的范围在0~1之间。 F30%： The human oral bioavailability 30%，人体口服生物利用度。大于30%为（F30%+），小于30%为（F30%-）。

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，不需要支付资源之外的附加费用。通过WDL格式的模板创建WDL作业。广泛应用于基因测序、药物检测等领域。 GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 父主题： 作业管理

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关键概念 镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平

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医疗智能体（EIHealth）基于华为云AI和大数据技术优势，为基因组分析、药物研发、临床研究三个领域提供专业AI研发平台。 产品介绍 用户指南 仅两个按钮时选用 立即使用 成长地图 由浅入深，带您玩转EIHealth 01 了解 医疗智能体（EIHealth）面向基因组分析、药物研发、临床研究三个领域，提

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大规模网络容器实例调度：支持大规模、高并发的容器创建和管理 随启随用、按需付费：容器按需启动，按资源规格和使用时长付费 图1 大数据AI计算场景 生物基因、药物研发等科学计算 生物基因、药品研发等领域需要高性能、密集型计算，同时对成本较敏感，需要低成本、免运维的计算平台。科学计算一般都是任务型计算，快速申请大量资源，完成后快速释放。

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GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 创建GCS作业 GCS作业目前暂不支持直接创建，您可通过GSC模板创建GCS作业，具体操作请参见通过模板创建GCS作业。 查看作业 登录BCE控制台，左侧导航栏中选择“作业管理”。

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基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装，应用既可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用，创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成，流程中的各个应

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应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务，快速实现基因组数据分析及AI建模，提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持，让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一，基

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on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NG

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基于GCS构建基因测序平台 本通过一个示例Demo介绍如何基于GCS构建一个基因测序平台。 Demo下载地址 https://mirrors.huaweicloud.com/gcs-sdk/GCS_CloudOnCloud_SDK.rar 示例demo源码只实现了最基础的功能，不可直接作为商业软件使用。

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On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NG

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用，以及方便的管理和维护。 volcano插件：Volcano是一个基于Kubernetes的批处理平台，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性。 Flink Operator：通过Flink operator

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HPC提供了超高浮点计算能力解决方案，可用于解决计算密集型、海量数据处理等业务的计算需求，如科学研究、气象预报、计算模拟、军事研究、CAD/CAE、生物制药、基因测序、图像处理等，缩短需要的大量计算时间，提高计算精度。 方案架构 方案优势 降低TCO 可以按需租用，成本低，降低中小客户使用HPC的门槛。

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病毒基因组分析平台入门 病毒基因组分析平台基于rampart实时读取分析病毒数据，并且提供web界面查看病毒分析的结果。 仅内测用户可以使用。 创建环境 单击“环境管理 > 创建环境”，根据界面提示填写参数。 环境类型 选择“病毒基因组分析平台”。 关联OBS存储 OBS存储用于

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工具管理 工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用。您可以基于基因容器为您提供业界主流的基因数据处理工具，当前已支持的公共工具请参见公共工具的范围。您可以直接使用公共工具来创建流程，如执行工具。此外，基因容器也支持添加自有工具并支持对接第三方数据

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的替代方案。 基因组学研究：通过基因测序和分析、生物和医疗信息等海量数据的快速分析，可实现精准医疗；同时在药物研发、分子育种等领域都有海量数据的处理，该领域需要硬件加速来解决生物计算量的性能瓶颈。FPGA 云服务器 提供的强大的可编程的硬件计算能力可以很好满足海量生物数据快速计算的需求。

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