更新时间:2021-08-24 GMT+08:00
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安装和使用社区OpenMPI

操作场景

本节指导用户在BMS上安装和使用社区OpenMPI(以3.1.1版本为例)。

对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。

前提条件

已配置BMS集群间互相免密登录。

操作步骤

  1. 安装HPC-X工具套件。

    1. 使用社区OpenMPI时,需要同时使用Mellanox的HPC-X 套件,适用于CentOS 7.3的HPC-X版本是“hpcx-v2.2.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4.3-1.0.1.0-redhat7.3-x86_64.tbz”。

      下载地址:http://www.mellanox.com/page/products_dyn?product_family=189&mtag=hpc-x

    2. 将下载的软件包拷贝到BMS内(建议在“/home/rhel”目录下)。
    3. 执行以下命令,解压HPC-X工具套件,并修改HPC-X工具套件目录。

      # tar -xvf hpcx-v2.2.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4.3-1.0.1.0-redhat7.3-x86_64.tbz

      # mv hpcx-v2.2.0-gcc-MLNX_OFED_LINUX-4.3-1.0.1.0-redhat7.3-x86_64 /opt/hpcx-v2.2.0

  2. 安装OpenMPI。

    1. 下载社区OpenMPI,版本号为“openmpi-3.1.0.tar.gz”。

      下载地址:https://www.open-mpi.org/software/ompi/v3.1/

    2. 将下载的OpenMPI压缩包拷贝至BMS内(建议在“/home/rhel”目录下)。
    3. 执行以下命令,解压软件包。

      # tar -xzvf openmpi-3.1.0.tar.gz

      # cd openmpi-3.1.0

    4. 执行以下命令,安装所需要的库文件,安装之前请确保BMS能与外网连通。
      1. 执行以下命令,安装依赖包。

        # yum install binutils-devel.x86_64 gcc-c++ autoconf automake libtool

        图1 安装binutils-devel.x86_64等依赖包成功
    5. 执行以下命令,安装编译OpenMPI。

      # ./autogen.pl

      # mkdir build && cd build

      # ../configure --prefix=/opt/openmpi-310 --with-mxm=/opt/hpcx-v2.2.0/mxm

      # make all install

      图2 OpenMPI安装成功

  3. 配置MPI环境变量。

    1. 普通用户下,在“~/.bashrc”中添加如下环境变量:

      export PATH=$PATH:/opt/openmpi-310/bin

      export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi-310/lib

    2. 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。

      $ source ~/.bashrc

    3. 执行以下命令,查看MPI环境变量是否正常。
      $ which mpirun
      图3 环境变量正常

      回显如图3所示表示环境变量正常。

  4. 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。

    1. 执行以下命令,生成可执行文件。

      $ cd ~

      $ vi hello.c

      编辑内容如下:

      #include<mpi.h>   
      #include<stdio.h>   
      int main(int argc, char** argv){
             //Initialize the MPI environment
             MPI_Init(NULL, NULL);
             //Get the number of processes
             int world_size;
             MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
             //Get the rank of the process
             int world_rank;
             MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
             //Get the name of the processor
             char processor_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
             int name_len;
             MPI_Get_processor_name(processor_name, &name_len);
             //Print off a hello world message.
             printf("Hello world from processor %s, rank %d"" out of %d processors\n",processor_name, world_rank, world_size);
             //Finalize the MPI environment.
             MPI_Finalize();
         }
      $ mpicc hello.c -o hello

      不同版本的MPI运行的hello文件是不同的,都需要使用命令mpicc hello.c -o hello对hello.c文件重新编译。

    2. 执行以下命令,在单个BMS上运行社区OpenMPI。

      $ mpirun -np 2 /home/rhel/hello

      图4 社区OpenMPI运行成功

      回显如图4所示,表示单个BMS上运行社区OpenMPI成功。

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