分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的分子

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分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的分子

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001 ≤ dt ≤ 0.005，单位：ps。分子动力学模拟的步长，建议不超过0.002ps，步长越大，越难收敛。 预平衡时长：默认值：100ps，取值范围：0-200ps。对体系进行预平衡模拟，使体系温度、压强、密度等达到平衡状态。预平衡模拟时长=预平衡步数×时间步长。时长增加，作业运行时间延长。

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Toolkit运行VASP任务，为什么概率性运行失败？ Intel oneAPI Toolkit（Intel并行计算平台）运行的VASP（用于电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟）任务对CPU硬件版本有深度依赖，在小规格Pod场景下概率性运行失败，建议切换oneAPI版本或使用4核以上Pod运行。 父主题： 容器工作负载类

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对生物基因数据进行测序、拼接、比对等处理，提供基因组信息以及相关数据系统的生物信息学领域。 进行大规模分子动力学模拟来分析和验证蛋白质在分子和原子水平上的变化的分子动力学模拟领域。 快速地完成高通量药物虚拟筛选从而大量缩短研发周期和减少投入资金的新药研发等领域。 能源勘探：野外

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计算机辅助技术可以极快地加速前两个阶段，利用同源建模和分子动力学模拟，从病毒蛋白一级序列快速获得病毒蛋白3D结构，并且依托云端算力实现大规模筛选和成药性分析，从万级的小分子筛选库获得百级的候选小分子只需耗时10天。随后研究机构、药厂通过试验验证和临床试验，最终确定可靠的药物小分子用于疾病治疗。 图1 药物筛选之旅

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靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探针半

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升60%+。平台提供靶点发现，苗头化合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。全平台无需软硬件安装调试成本，开箱即用，随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务，将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。

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医疗智能体 平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果，生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象，用于可视化展示。 对配体分子进行注释，包括DrugBank

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医疗智能体项目团队联合多家科研机构，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估，让研究人员可以同时从21个蛋白的角度，综合、无

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靶点优化 靶点优化基于分子动力学模拟和结构聚类，实现靶点结构优化 单击“靶点优化”功能卡片，进入配置页面。 配置靶点文件和相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件，文件大小不能超过10M。若文件中含有多个受体，默认只处理第一个。 靶点预处理： 去配体：提交任务时系统会自动删除配体。

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Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“立即使用”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。 大分子支持PDB编号自动下载。 相互作用的可视化。 支持分子的编辑、标注。 测量、测量距离、角度、二角面等。

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期间医疗智能体团队联合多家科研单位，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估，获取的结合能信息均公开在“神农项目”中。 图1

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模拟案例 案例概述 创建缺陷 分析缺陷 确认缺陷 修复缺陷 测试缺陷 验收缺陷 关闭缺陷 激活缺陷 协同下发缺陷 父主题： 缺陷管理最佳实践

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告警模拟测试”。 配置模拟测试参数，具体参数说明如表1所示，配置完成后，单击“提交”。 表1 模拟测试参数说明 参数名称 参数说明 操作类型 选择操作类型。 ID ID自动生成，可修改。 应用/服务 选择应用和服务。 严重级别 选择告警严重级别。 告警类型 选择告警类型。 主机名 输入测试执行主机。

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下游分析：分子优化对应的下游分析为分子搜索、分子属性预测、分子优化和合成路径，单击“确定”即可创建。 下载3D：如果分子设置了靶点，可以单击“下载3D”下载优化后的小分子或者复合物，如果分子未设置靶点，单击“下载3D”只能下载小分子。 每个分子卡片上会展示相应分子序号与对应的参数Vina Score、QED、SaScore

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单击“提交”，提交任务。 分子生成结果支持以列表视图的形式进行查看 可以以列表的形式查看分子生成的作业，单击左上角“下载”，下载分子生成的结果或者分子3D构象。如果分子设置了靶点，可以下载小分子或复合物，若分子未设置靶点，只能下载小分子。 分子生成对应的下游分析为分子搜索、分子优化和合成路径，通过单击“下游分析”可以进行创建。

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模拟案例 案例概述 创建原始需求 处理原始需求 编辑原始需求详情 父主题： 原始需求管理实践

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分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面

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可以以列表的形式查看分子优化的作业，单击左上角“下载”，下载分子优化的结果或者分子3D构象。如果分子设置了靶点，可以下载小分子或复合物，若分子未设置靶点，只能下载小分子。 分子优化对应的下游分析为分子优化和合成路径，通过单击“下游分析”可以进行创建。 如果分子设置了靶点，可以单击

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告警模拟测试”。 配置模拟测试参数，具体参数说明如表1所示，配置完成后，单击“提交”。 表1 模拟测试参数说明 参数名称 参数说明 操作类型 选择操作类型。 ID ID自动生成，可修改。 应用/服务 选择应用和服务。 严重级别 选择告警严重级别。 告警类型 选择告警类型。 主机名 输入测试执行主机。

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