产品优势 基因容器基于Kubernetes智能化基因计算任务调度和Spark等加速服务，为您提供低成本高性能的基因测序解决方案。支持对接深度学习框架，方便您深度解读报告。 秒级并发 基因容器利用容器技术的秒级并发能力，可将WGS从30小时缩短至5小时以内，对比同类竞品，使用相同样本的情况下，资源利用率大幅提升。

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成长地图 | 华为云 基因容器 基因容器（GeneContainer Service）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源 产品介绍

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S的API执行测序，待测序完成后获取测序结果并返回给用户。 G CS 服务：提供底层测序API共测序平台调用。 从上面的描述可以看出，测序平台相当于用户与GCS之间的一个代理，将用户的测序请求转发给GCS处理，然后获取测序结果返回给用户。当然测序平台处理转发测序请求外，还可以做很多其

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算力，大数据等技术加速计算过程。 支持十亿节点、百亿边的超大规模图数据库查询，提供适用于基因和生物网络数据的图深度学习算法。 拥有基于基因组数据自动深度学习的技术框架AutoGenome，深度融合人工智能技术，产生更加便捷、快速、准确、可解释的医疗智能模型，加速医疗大健康行业的研究工作。

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使用前必读 概述 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因测序解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的测序流程、秒极可伸缩的高可靠资源。

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基于华为云整体产品规划，基因领域将统一由 EIHealth 为入口承接，后续GCS会考虑逐渐下线。详见最新动态。 基因容器（GeneContainer Service，GCS）提供云端基因解决方案，支持DNA、RNA等主流生物基因测序场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化

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深度学习模型预测 深度学习已经广泛应用于图像分类、图像识别和 语音识别 等不同领域， DLI 服务中提供了若干函数实现加载深度学习模型并进行预测的能力。 目前可支持的模型包括DeepLearning4j 模型和Keras模型。由于Keras它能够以 TensorFlow、CNTK或者 Theano

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Based on STAR 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和表观遗传学等领域。 该流程

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深度学习模型预测 深度学习已经广泛应用于图像分类、图像识别和语音识别等不同领域，DLI服务中提供了若干函数实现加载深度学习模型并进行预测的能力。 目前可支持的模型包括DeepLearning4j 模型和Keras模型。由于Keras它能够以 TensorFlow、CNTK或者 Theano

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功能介绍 测序数据质量的总体评估 评估测序的Reads数目，测序Base数，测序深度等。 低质量Reads过滤 过滤低质量的测序Reads，得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测

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基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析

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Institute官方推荐流程，用于全基因组测序比对、去重、碱基校正以及突变检测，关于该流程的详细描述请参见Broad Institute官方文档。 本文旨在帮助您了解基因容器的基本知识，解答您在使用基因容器中可能遇到的问题，帮助您快速使用基因容器服务开始您的基因测序数据分析之旅。 文档导读 基因容器的计算环境可以使用云容器实例（Cloud

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基因测序厂商 基因测序服务的提供商，即华为云基因容器服务的客户。 第三方 基因测序服务的使用者，即基因测序厂商的客户。 操作步骤 基因测序厂商进行桶配置、权限控制及第三方添加外部桶的操作步骤如下： 使用基因测序厂商账号登录OBS管理控制台，单击“创建桶”。 图2 OBS管理控制台 设置桶参数：

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删除environment 清理删除基因测序的环境 查询environment列表 查询环境列表信息 查询environment 查询环境的详细信息 创建workflow 创建测序流程 删除workflow 删除测序流程 更新workflow 更新测序流程 下载workflow 下载测序流程 查询workflow

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配置流程 整理好需要上传的基因测序文件。 登录弹性文件服务控制台，创建一个文件系统用于存放基因测序文件。 登录作为头节点和计算节点的 云服务器 ，挂载文件系统。 通过头节点将需要上传的基因测序文件上传到挂载的文件系统。 登录计算节点，直接对挂载的文件系统中的基因测序文件进行编辑。 前提条件

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配置流程 整理好需要上传的基因测序文件。 登录高性能弹性文件服务控制台，创建一个文件系统用于存放基因测序文件。 登录作为头节点和计算节点的云 服务器 ，挂载文件系统。 通过头节点将需要上传的基因测序文件上传到挂载的文件系统。 登录计算节点，直接对挂载的文件系统中的基因测序文件进行编辑。 前提条件

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流程（Workflow） 基因测序流程包含测序过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。基因容器为您提供了多套典型的测序流程，基于此流程，您可以快速完成测序任务。 工具（Tool）

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通用场景 生物基因企业利用基因容器完成大规模基因组测序分析。 优势 极大提升计算速度，降低运算成本。 流程设计门槛低、方式多样，可以通过设计器、模板甚至可以直接从其他格式模板直接转换 不单独维护小资源池，可直接使用整个 华为云计算 资源作为基础。保证资源充足，无需排队 为生物测序行业量身定做的业务流程，更贴近用户场景。

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高性能计算 生物医药（基因测序） 场景概述 生物医药包含基因测序，DNA变异检测等技术，随着人们对于健康关注度不断提高，基因测序等现代健康检测和预测手段正快速推广普及。基因测序是通过测序仪将不可视的生物信息转换为可视的文本信息，并依托计算、存储和大数据等资源，结合生物信息算法对文本信息进行分析和研究。

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各个模型深度学习训练加速框架的选择 LlamaFactory框架使用两种训练框架： DeepSpeed和Accelerate都是针对深度学习训练加速的工具，但是它们的实现方式和应用场景有所不同。 DeepSpeed是一种深度学习加速框架，主要针对大规模模型和大规模数据集的训练。D

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创建三台云服务器，自动部署HPC开源调度软件Slurm，提供基因测序HPC环境。 创建弹性服务共享文件，为基因测序HPC环境提供共享文件存储服务。 安全组可以保护云服务器的网络安全，通过配置安全组规则，限定云服务器的访问端口。 云服务器管理节点绑定弹性公网IP，用于用户访问基因测序HPC环境。 在调度节点安装Gearbox程序、配置java环境。

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