二代测序 更多内容
  • 方式2:使用预置应用搭建NGS流程

    方式2:使用预置应用搭建NGS流程 将 EIHealth 平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。

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  • WDL作业

    WDL作业 通过WDL格式的模板创建WDL作业。广泛应用于基因测序、药物检测等领域。 创建WDL作业 登录BCE控制台,左侧导航栏中选择“作业管理”。 在“WDL”页签下,单击“创建作业”。 配置参数,具体如表1所示。 表1 创建作业 参数 说明 作业名称 输入作业名称。要求如下:

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  • inputs

    inputs 可选项,用于定义测序流程的可变部分。inputs由多个变量组成,最多可定义60个变量,且每个变量名唯一,若变量名重复,则后面定义的将会覆盖之前定义的。 变量可以在流程文件的其他参数中引用,引用方式采用shell脚本方式,即:${var},其中var为变量名称。 inputs格式

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  • inputs

    inputs 可选项,用于定义测序流程的可变部分。inputs由多个变量组成,最多可定义60个变量,且每个变量名唯一,若变量名重复,则后面定义的将会覆盖之前定义的。 变量可以在流程文件的其他参数中引用,引用方式采用shell脚本方式,即:${var},其中var为变量名称。 inputs格式

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  • 什么是医疗智能体

    台提供大量相关模型、算法及数据资源,是一站式的医疗研发平台。 医疗智能体 提供以下子服务: 基因组分析 提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 药物研发 提供多个药物研发AI模型、AI算法、药物 知识图谱 ,支撑药企高效地开展

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  • 云存储说明

    应用场景 适用各种高性能计算以及媒资归档场景,视频监控、在线视频点播、HPC、大数据分析。 大数据分析、静态网站托管、在线视频点播、基因测序、智能视频监控、备份归档、企业云盘(网盘)等。 HPC高性能计算、媒体处理、内容管理和Web服务、大数据和分析应用程序等。 父主题: 配置云存储

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  • 什么是云硬盘

    如高性能计算、媒体处理、文件共享和内容管理和Web服务等。 说明: 高性能计算:主要是高带宽的需求,用于共享文件存储,比如基因测序、图片渲染这些。 如大数据分析、静态网站托管、在线视频点播、基因测序和智能视频监控等。 如高性能计算、企业核心集群应用、企业应用系统和开发测试等。 说明: 高性能计算:主要

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  • 超大内存型

    最大内网带宽:100Gbps 最大网络连接数:1000万 超大内存型E6 CPU/内存配比:1:28 vCPU数量范围:104-208 处理器:第二代英特尔® 至强® 可扩展处理器 基频/睿频:2.7GHz/4.0GH 高IO 通用型SSD 超高IO 极速型SSD 通用型SSD V2 超高网络收发包能力

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  • 智能购买组概述

    同实例类型以及不同计费模式的算力。极大程度降低投入成本,同时简化算力获取方式。 应用场景 智能购买组适用于图像渲染、无状态Web服务、基因测序、离线分析、函数计算、批量计算、样本分析、CI/CD与测试等场景。 使用须知 智能购买组可以跨可用区部署实例,但是不可以跨区域部署实例。 每个智能购买组的目标容量限制:

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  • 创建workflow

    创建workflow 功能介绍 当G CS 提供的示例流程不能满足使用需求时,您可以创建自定义流程,方便后续测序使用。 URI POST /v1/workflows 请求消息 请求参数 请求参数如表1所示。 表1 请求参数 参数 是否必选 参数类型 描述 resource 是 表2 流程请求参数。

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  • 快速部署

    快速部署 本章节主要帮助用户快速部署“快速构建基因测序环境”解决方案。 表1 参数说明 参数名称 类型 是否可选 参数解释 默认值 vpc_name string 必填 虚拟私有云名称,该模板新建VPC,不允许重名。取值范围:1-54个字符,支持数字、字母、_(下划线)、-(中划线)、

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  • 配置Lite Server存储

    如高性能计算、媒体处理、文件共享和内容管理和Web服务等。 说明: 高性能计算:主要是高带宽的需求,用于共享文件存储,比如基因测序、图片渲染这些。 如大数据分析、静态网站托管、在线视频点播、基因测序和智能视频监控等。 如高性能计算、企业核心集群应用、企业应用系统和开发测试等。 说明: 高性能计算:主要

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  • 部署environment

    部署environment 功能介绍 部署基因测序所需的环境,开始基因测序之前,请先进行必要的资源配置。 URI POST /v1/environments 请求消息 请求参数 请求参数如表1所示。 表1 请求参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 否 String

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  • 对象存储卷概述

    各种工作负载(Deployment/StatefulSet)和普通任务(Job)使用,主要面向大数据分析、静态网站托管、在线视频点播、基因测序、智能视频监控、备份归档、企业云盘(网盘)等场景。 相关参考 CCE支持挂载第三方租户的OBS桶,包含OBS并行文件系统(优先)和OBS对

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  • Notebook常用操作

    JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图5 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图6 执行命令 父主题: 开发环境(Notebook)

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  • 什么是HPC-S²

    群系统,通过管理节点对计算任务进行分解,交给不同的计算节点进行计算,以此来解决大型计算问题。在科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业均有广泛的应用。 针对日益增长的HPC计算能力需求,华为云在现有基础设施之上推出了HPC解决方案服务(HPC Solution

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  • 网络规划

    (MTU) 高达 1522 字节 (14 字节以太网标头 + 4 字节 VLAN 标记 + 1500 字节 IP 数据报 + 4 字节帧检测序列)。推荐参数值:1500。 云上云下建议使用私网IP地址,且互通的IP网段不能冲突。

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  • 通用计算增强型

    最大网络收发包:300万PPS 最大内网带宽:16Gbps 通用计算增强型C6s CPU/内存配比:1:2 vCPU数量范围:2-64 处理器:第二代英特尔® 至强® 可扩展处理器 基频/睿频:2.6GHz/3.5GHz 支持开启/关闭超线程功能,详细内容请参见开启/关闭超线程 高IO 通用型SSD

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  • 竞价计费模式概述

    竞价计费型实例存在中断机制,实例生命周期不可控,请勿使用竞价计费型实例运行需长时间作业、或稳定性要求极高的服务。 适用场景:图像渲染、无状态Web服务、基因测序、离线分析、函数计算、批量计算、样本分析、CI/CD与测试等。 父主题: 竞价计费

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  • 节点规格说明

    Standard集群 CCE Turbo 集群 通用计算增强型C6ne CPU/内存配比:1:2/1:4 vCPU数量范围:2-64 处理器:第二代英特尔® 至强® 可扩展处理器 基频/睿频:3.0GHz/3.4GHz 超高网络收发包能力 实例网络性能与计算规格对应,规格越高网络性能越强

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  • 计费说明

    专属计算集群(Dedicated Computing Cluster)为用户提供资源物理隔离的云上专属资源池。适用于金融安全、 数据仓库 、基因测序、生物制药等对数据安全要求高的场景。用户可申请独占物理设备,独享计算、存储和网络资源专属区,从而保证数据安全隔离、业务稳定运行。 计费项 计费项分为包含服务和关联服务两类。

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