bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。 fa-file2 file 测序得到的fastq2文件。 ref-file file 参考基因组序列。 seq-platform string 测序平台，如MGI、Illumina。 sample-id

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G CS 作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 创建GCS作业 GCS作业目前暂不支持直接创建，您可通过GSC模板创建GCS作业，具体操作请参见通过模板创建GCS作业。 查看作业 登录BCE控制台，左侧导航栏中选择“作业管理”。

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产品优势 基因容器基于Kubernetes智能化基因计算任务调度和Spark等加速服务，为您提供低成本高性能的基因测序解决方案。支持对接深度学习框架，方便您深度解读报告。 秒级并发 基因容器利用容器技术的秒级并发能力，可将WGS从30小时缩短至5小时以内，对比同类竞品，使用相同样本的情况下，资源利用率大幅提升。

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则无法一键创建按量付费的“集群”和“ 弹性云服务器 （下文中简称为ECS节点）”等资源。 区域限制 当前仅支持在华北区进行测序计算。 配额限制 使用基因容器执行测序时，需注意以下配额限制： 每个用户默认最多创建5个环境； 每个用户默认最多创建100个自定义流程，每个用户执行流程次数不能超过500次；

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待环境创建完成，可以单击环境名称查看环境信息。 执行测序流程 基因容器提供了gcs-grammar示例流程，通过该流程您可以了解到GCS的编排语法及能力。 该流程的执行顺序以及包含工具，可以通过单击”基因测序 > 示例流程 > gcs-grammar”查看流程详细信息。 执行测序流程请按如下步骤操作。 单

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上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到 EIHealth 平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。

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连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题，所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业都涉及高性能计算集群来解决大型计算问题，管理节点对计算任务进行分解，交给不同的计算节点完成计算。 各种业务场景下，因数据处

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JupyterLab”，然后选择“Terminal”，进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如，您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图2 执行命令 父主题： Notebook

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感谢您更深入的了解、学习并使用基因容器服务（GeneContainer Service，GCS）。 基因容器服务GCS提供云端基因分析解决方案，支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析场景。基因容器基于轻量级容器技术，结合大数据、深度学习算法，优化官方标准算法，为您提供灵活可定制的分析流程、秒级可伸缩的高可靠资源。

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域。 AI/大数据 适用于 内容审核 、OCR、图像识别、图片处理、美颜、 语音识别 、推荐、搜索、智能客服、游戏AGI等领域。 基因 适用于基因测序、药物检测等领域。

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批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节

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提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务，快速实现基因组数据分析及AI建模，提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持，让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一，基于基因组分析结果，可精准识别病毒基因特性，监测病毒变异趋势

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，且必须以小写字母或数字结尾。 cluster_id 否 String 如果使用已有集群，此处填写执行测序所使用的集群ID。 workflow_id 是 String 执行测序所使用的流程ID。 sfs_pvc_name 是 String sfs存储名称。 namespace 否

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入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在 医疗智能体 平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台

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CDN，媒体处理 MPC，内容审核 Moderation 图3 视频点播 基因测序 场景描述 OBS提供高并发、高可靠、低时延、低成本的海量存储系统，结合计算服务可快速搭建高扩展性、低成本、高可用的基因测序平台。 客户数据中心测序仪上的数据通过云专线自动快速上传到华为云，通过由ECS、CCE、

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，且必须以小写字母或数字结尾。 cluster_id 否 String 如果使用已有集群，此处填写执行测序所使用的集群ID。 workflow_id 是 String 执行测序所使用的流程ID。 sfs_pvc_name 是 String sfs存储名称。 namespace 否

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概述 操作场景 高性能计算解决方案适用于基因测序，工业仿真等高性能计算场景，您根据实际计算需求购买HPC集群。 本节操作介绍创建HPC集群的方式，以及创建流程，引导您一站式完成集群的创建、配置，并在HPC-S²上完成高性能计算作业。 部署方式简介 购买高性能计算解决方案：根据实际

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如高性能计算、媒体处理、文件共享和内容管理和Web服务等。 说明： 高性能计算：主要是高带宽的需求，用于共享文件存储，比如基因测序、图片渲染这些。 如大数据分析、静态网站托管、在线视频点播、基因测序和智能视频监控等。 如高性能计算、企业核心集群应用、企业应用系统和开发测试等。 说明： 高性能计算：主要

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如高性能计算、媒体处理、文件共享和内容管理和Web服务等。 说明： 高性能计算：主要是高带宽的需求，用于共享文件存储，比如基因测序、图片渲染这些。 如大数据分析、静态网站托管、在线视频点播、基因测序和智能视频监控等。 如高性能计算、企业核心集群应用、企业应用系统和开发测试等。 说明： 高性能计算：主要

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互联网弹性业务负载。相比虚拟机，裸金属容器提供更高的部署密度、更低的资源开销、更加敏捷的部署效率。基于云原生技术帮助客户实现降低云化成本目标。 高性能计算/AI场景 超算、基因测序、人工智能等高性能计算场景，处理的数据量大， 裸金属服务器 满足业务对 服务器 的高计算性能、高稳定性、高实时性的诉求。

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数据变现的核心诉求。DWR提供的高效、开放、易用的近数据处理能力，让视频处理、图片审核、文档压缩、灾难防治、数据搜索和推荐、办公协同、基因测序等场景的海量数据快速产生价值。 DWR的应用场景包括但不限于以下典型场景。 表1 DWR典型应用场景 应用场景 场景下支持的能力 视频 视

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