受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋，检测类型基于配体，基于氨基酸残基，自动检测，自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket

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选择残基 选择残基方式由用户点选多个平台识别到的残基定义口袋的位置。 自动预测 自动预测通过平台内置的蛋白口袋预测算法为用户提供多个可选择的口袋位置。 自定义 自定义则由用户通过指定口袋的中心位置及大小确定口袋位置。 片段优化：通过指定一个小分子，对其进行编辑后，生成新颖小分子。

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图1 设置靶点口袋发现文件 查看靶点口袋发现结果。 单击作业名称，在输出结果页面，可以单击“查看轨迹”，下载运动轨迹。可以单击”下游分析”，将发现的口袋作为对接口袋进行分子对接。也可以在右边口袋列表中查看口袋信息。 图2 查看靶点口袋发现结果 图3 查看靶点口袋发现运动轨迹 查看2D相互作用图。

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创建靶点口袋发现作业 功能介绍 创建靶点口袋发现作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型

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查询靶点口袋发现作业详情 功能介绍 查询靶点口袋发现作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-detection/{job_id} 表1 路径参数

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靶点口袋发现作业管理 创建靶点口袋发现作业 查询靶点口袋发现作业详情 父主题： API（盘古辅助制药平台）

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靶点口袋分子设计作业管理 创建靶点口袋分子设计作业 查询靶点口袋分子设计作业详情 父主题： API（盘古辅助制药平台）

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创建靶点口袋分子设计作业 功能介绍 创建靶点口袋分子设计作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design 表1 路径参数 参数 是否必选

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Array of floats 口袋中心坐标。 最小值：-9999999 最大值：99999999 数组长度：3 - 3 size 是 Array of floats 口袋大小。 最小值：2 最大值：500 数组长度：3 - 3 padding 是 Float 口袋的padding值。 最小值：0

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发布日期 修改说明 04 2024-04-11 第四次正式发布。 新增： 支持分子搜索。 支持自定义数据库。 修改： 分子优化。 靶点口袋发现。 靶点口袋分子设计。 自由能微扰。 分子属性预测。 合成路径规划。 03 2023-12-30 第三次正式发布。 新增： 支持小分子聚类。 支持卡片视图，同时查看多个小分子。

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查询靶点口袋分子设计作业详情 功能介绍 查询靶点口袋分子设计作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design/{job_id} 表1

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在靶点发现阶段，我们提供蛋白质结构预测、靶点口袋发现功能。 苗头化合物发现 在苗头化合物发现阶段，我们提供分子对接、口袋分子设计，分子属性预测功能，在分子对接中，我们预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段，提供分子优化、靶点口袋分子设计（骨架跃迁、片段优化、片段

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药物通用接口 药物数据库管理 药物作业管理 自由能微扰作业管理 分子对接作业管理 分子合成路径规划作业管理 分子优化作业管理 靶点口袋发现作业管理 靶点口袋分子设计作业管理 分子属性预测作业管理 分子搜索作业管理 分子生成作业管理 CPI作业管理 靶点优化作业管理 药物模型管理

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法。 配置受体口袋位置，如果包含多个受体文件，需要每个受体都进行口袋设置，才能单击提交。 原始配体 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接

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药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务

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ReceptorDrugFile object 受体文件。 bounding_box 是 BoundingBoxDto object 结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小。 remove_ion 否 Boolean 去除受体中的离子。 缺省值：true remove_water 否 Boolean

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靶点发现 靶点口袋发现 靶点优化 父主题： 功能模块

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先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题： 功能模块

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步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。

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步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。

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表7 object 结合口袋，包含口袋中心位置和尺寸大小 表7 BoundingBox 参数 是否必选 参数类型 描述 center 否 Array of numbers 口袋中心坐标。 x, y, z轴的坐标 size 否 Array of numbers 口袋尺寸大小。x, y,

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