过滤低质量的测序Reads，得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过Varian

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Cromwell 相关操作请参见Cromwell引擎使用指导。 病毒基因组分析平台 病毒基因组分析平台基于rampart实时读取分析病毒数据，并且提供web界面查看病毒分析的结果。 病毒基因组分析平台的相关操作请参见病毒基因组分析平台入门。 基本概念 弹性云服务器 弹性 云服务器 （Elastic

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ouputs 可选项，用于定义数据处理流程完成后，最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示，此外，为了让您更直观的查看结果文件，基因容器集成 IGV（IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/）软件，您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

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作业模板 基因分析流程包含分析过程所需工具的执行先后信息以及数据输入输出等定义。流程由至少一个工具组成。流程中的各个工具由其前后顺序关系形成数据流，前序工具为后序工具提供输入。 基因容器流程可以通过“自定义流程”页面来创建，然后用自定义流程进行分析。 创建作业模板 通过模板创建作业

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创建三台弹性云 服务器 ，自动部署HPC开源调度软件Slurm，提供基因测序HPC环境。 创建弹性服务共享文件，为基因测序HPC环境提供共享文件存储服务。 安全组可以保护弹性云服务器的网络安全，通过配置安全组规则，限定云服务器的访问端口。 弹性云服务器管理节点绑定弹性公网IP，用于用户访问基因测序HPC环境。 在调度节点

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指定的PVC必须存在。 基因容器服务提供了3个内置的共享存储可供挂载，分别为： ${G CS _REF_PVC}，基因容器提供的参考组OBS桶。 ${GCS_DATA_PVC} ，关联OBS桶，表示基因容器环境关联的OBS桶。 ${GCS_SFS_PVC}，加速SFS卷，表示基因容器环境关联的SFS卷。

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华为云服务高级解决方案架构师培训 培训简介 云时代的到来，对人才提出了新的要求，不仅是高科技创新公司，越来越多的传统产业公司也需要大量云服务人才。企业无论是迁移传统应用上云或利用容器、微服务平台优化云应用架构，还是从事公有云上设计、集成、部署、实施等项目任务，都亟需云技术领域的高

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华为云服务专家解决方案架构师培训 培训简介 据预测，到2025年，全球所有企业都将使用云技术，而基于云技术的应用使用率将达到85%。云时代的到来，对人才提出了新的要求，不仅是高科技创新公司，越来越多的传统产业公司也需要大量云服务人才。掌握DevOps理念，集云上研发及运维能力的融

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平台计费方式 基因平台 基因平台提供包年包月、按需两种计费方式，您可以按需求进行选择，计费详情请参见价格计算器。 盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式，您可以按需求进行选择，计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需

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色，存储容灾服务的权限才能生效。 表1 GCS系统策略 策略名称 描述 策略类型 依赖关系 GCS FullAccess 基因容器服务的管理员权限。拥有基因容器服务所有操作权限。 系统策略 依赖如下策略，请同时授予如下权限。 OBS OperateAccess：全局级策略，请在“全局区域

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outputs 可选项，用于定义数据处理流程完成后，最终生成的结果文件列表。结果文件列表在基因容器服务的控制台界面展示，此外，为了让您更直观的查看结果文件，基因容器集成 IGV（IGV的详细描述请参见http://www.igv.org/）软件，您通过控制台即可查看到通过IGV软件转换后的可视化结果文件。

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数据管理 基因容器使用 对象存储服务 OBS和弹性文件服务SFS存储分析前后产生的数据，其中包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。CCE环境支持对象存储服务OBS和弹性文件服务SFS存储数据，而由于目前CCI环境不支持OBS挂载，CCI环境只能使用SFS存储数据。 基因容器的

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指定的PVC必须存在。 基因容器服务提供了3个内置的共享存储可供挂载，分别为： ${GCS_REF_PVC}，基因容器提供的参考组OBS桶。 ${GCS_DATA_PVC} ，关联OBS桶，表示基因容器环境关联的OBS桶。 ${GCS_SFS_PVC}，加速SFS卷，表示基因容器环境关联的SFS卷。

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bqsr-bam file 经过gatk-applybqsr处理之后得到的bam文件。 ref-file file 参考基因组序列。 contig-file file 与参考基因组对应的contigs文件，包含contigs清单。 输出参数 out-dir directory 输出的Variant

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创建tool 功能介绍 如果您需要使用的工具超出基因容器提供的业务主流基因数据处理工具范围，您可以通过本接口，添加自定义工具。基因容器支持的公共工具请参见公共工具范围。 如果使用自有工具镜像，请在调用本接口前，通过华为云提供的 容器镜像服务 （SWR）上传工具镜像。 URI POST

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企业数据变现的核心诉求。DWR提供的高效、开放、易用的近数据处理能力，让视频处理、图片审核、文档压缩、灾难防治、数据搜索和推荐、办公协同、基因测序等场景的海量数据快速产生价值。 DWR的应用场景包括但不限于以下典型场景。 表1 DWR典型应用场景 应用场景 场景下支持的能力 视频

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，不需要支付资源之外的附加费用。通过WDL格式的模板创建WDL作业。广泛应用于基因测序、药物检测等领域。 GCS作业 通过GCS格式的模板创建GCS作业。广泛应用于DNA、RNA、液态活检等主流生物基因分析、药物检测等领域。 父主题： 作业管理

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删除environment 功能介绍 清理基因测序的环境。如果您不再使用此环境，建议您清理环境，避免资源及费用的浪费。如默认环境被清理，则最新创建的环境会自动变成默认环境。 如果您使用的环境是云容器实例，环境清理后，基因容器将不再使用该命名空间，但是命名空间并未删除。如果需要删除命名空间，请前往CCI控制台删除。

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配额限制 使用基因容器执行测序时，需注意以下配额限制： 每个用户默认最多创建5个环境； 每个用户默认最多创建100个自定义流程，每个用户执行流程次数不能超过500次； 每个用户默认最多创建100个工具。 如果当前配额不能满足业务要求，请登录控制台，请提交工单申请调整配额。 使用基因容器时

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能否在华为云服务器自行搭建DDoS防御？ 可以。用户可以在华为云服务器为自身业务搭建DDoS防御体系。如果频繁遭遇大流量攻击，华为云会执行封堵策略或冻结，建议您购买DDoS高防产品来保障业务连续性。 父主题： 接入配置

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工具是生物信息软件的镜像封装，工具既可以编排入流程串联使用，也可以独立使用。您可以基于基因容器为您提供业界主流的基因数据处理工具，当前已支持的公共工具请参见公共工具的范围。您可以直接使用公共工具来创建流程，如执行工具。此外，基因容器也支持添加自有工具并支持对接第三方数据处理服务，您可以添加私有工具

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