测序深度 更多内容
  • 超过最大递归深度导致训练作业失败

    超过最大递归深度导致训练作业失败 问题现象 ModelArts训练作业报错: RuntimeError: maximum recursion depth exceeded in __instancecheck__ 原因分析 递归深度超过了Python默认的递归深度,导致训练失败。

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  • 各个模型深度学习训练加速框架的选择

    各个模型深度学习训练加速框架的选择 LlamaFactory框架使用两种训练框架: DeepSpeed和Accelerate都是针对深度学习训练加速的工具,但是它们的实现方式和应用场景有所不同。 DeepSpeed是一种深度学习加速框架,主要针对大规模模型和大规模数据集的训练。D

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  • 入门必读

    Service,简称G CS )提供云端基因测序解决方案,支持DNA、RNA、液态活检等主流生物基因测序场景。 基因容器服务对GATK 4.0官方所推荐的最佳实践流程进行封装,让您能快速基于GATK最佳实践流程完成原数据分析。该流程为Broad Institute官方推荐流程,用于全基因组测序比对、去重、碱基

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  • 方案概述

    创建三台 云服务器 ,自动部署HPC开源调度软件Slurm,提供基因测序HPC环境。 创建弹性服务共享文件,为基因测序HPC环境提供共享文件存储服务。 安全组可以保护云 服务器 的网络安全,通过配置安全组规则,限定云服务器的访问端口。 云服务器管理节点绑定弹性公网IP,用于用户访问基因测序HPC环境。 在调度节点安装Gearbox程序、配置java环境。

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  • IoTA.01010036 属性引用深度超过配额限制

    IoTA.01010036 属性引用深度超过配额限制 错误码描述 属性引用深度超过配额限制。 可能原因 资产属性作为其他的分析任务的输入参数,此时该资产属性引用深度为1,举例:模型A中有属性a,而模型B的分析任务以a为输入参数,则a的引用深度为1,深度限制最大为10。 处理建议 系统

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  • 如何获取Azure对象存储深度采集所需凭证?

    如何获取Azure对象存储深度采集所需凭证? 在对Azure云平台对象存储资源进行深度采集时,需要使用“存储账户”和“密钥”作为采集凭证,本节介绍获取Azure“存储账户”和“密钥”的方法。 登录 Azure 门户中转到存储账户。 在左侧导航栏选择“安全性和网络 > 访问密钥” ,即可看到“存储账户名称”和“密钥”。

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  • 应用场景

    生物基因企业利用基因容器完成大规模基因组测序分析。 优势 极大提升计算速度,降低运算成本。 流程设计门槛低、方式多样,可以通过设计器、模板甚至可以直接从其他格式模板直接转换 不单独维护小资源池,可直接使用整个 华为云计算 资源作为基础。保证资源充足,无需排队 为生物测序行业量身定做的业务流程,更贴近用户场景。

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  • 标准策略、极速策略和深度策略有哪些区别?

    标准策略、极速策略和深度策略有哪些区别? 漏洞管理服务提供支持以下3种网站扫描模式: “极速策略”:扫描的网站URL数量有限且漏洞管理服务会开启耗时较短的扫描插件进行扫描。 “深度策略”:扫描的网站URL数量不限且漏洞管理服务会开启所有的扫描插件进行耗时较长的遍历扫描。 “标准策

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  • 执行分析作业

    bwa-mem 输入参数 fq-file1 file 测序得到的fastq1文件。 fa-file2 file 测序得到的fastq2文件。 ref-file file 参考基因组序列。 seq-platform string 测序平台,如MGI、Illumina。 sample-id

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  • IoTA.01010204 资产树深度超过配额限制

    IoTA.01010204 资产树深度超过配额限制 错误码描述 资产树深度超过配额限制。 可能原因 每棵资产树深度最大不超过10层。 处理建议 请检查资产树的深度是否超过10层,若超出限制,请调整资产树的建模关系保证总深度不超过10层。 父主题: 资产建模相关错误码

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  • 主机深度采集成功,部分采集规格信息缺失

    主机深度采集成功,部分采集规格信息缺失 问题描述 进行主机深度采集后,在资源详情中查看采集的基本信息和规格信息,发现存在部分信息缺失的情况。 问题分析 出现该问题,可能是在安装Edge主机上的Linux采集脚本时,UNIX换行符格式不正确。正常情况下,Linux系统使用“LF”作

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  • 使用限制

    则无法一键创建按量付费的“集群”和“ 弹性云服务器 (下文中简称为ECS节点)”等资源。 区域限制 当前仅支持在华北区进行测序计算。 配额限制 使用基因容器执行测序时,需注意以下配额限制: 每个用户默认最多创建5个环境; 每个用户默认最多创建100个自定义流程,每个用户执行流程次数不能超过500次;

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  • 上传数据

    上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到 EIHealth 平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。

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  • 恢复归档或深度归档存储对象(Harmony SDK)

    恢复归档或深度归档存储对象(Harmony SDK) 功能说明 如果要获取归档或深度归档存储对象的内容,需要先将对象恢复,然后再执行下载数据的操作。对象恢复后,会产生一个标准存储类型的对象副本,也就是说会同时存在标准存储类型的对象副本和归档或深度归档存储对象,在恢复对象的保存时间

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  • 恢复归档或深度归档存储对象(Go SDK)

    恢复归档或深度归档存储对象(Go SDK) 功能说明 如果要获取归档或深度归档存储对象的内容,需要先将对象恢复,然后再执行下载数据的操作。对象恢复后,会产生一个标准存储类型的对象副本,也就是说会同时存在标准存储类型的对象副本和归档或深度归档存储对象,在恢复对象的保存时间到期后标准存储类型的对象副本会自动删除。

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  • 基于CCI执行gcs-grammar流程

    待环境创建完成,可以单击环境名称查看环境信息。 执行测序流程 基因容器提供了gcs-grammar示例流程,通过该流程您可以了解到GCS的编排语法及能力。 该流程的执行顺序以及包含工具,可以通过单击”基因测序 > 示例流程 > gcs-grammar”查看流程详细信息。 执行测序流程请按如下步骤操作。 单

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  • HPC简介

    连接系统的综合计算能力来处理大型计算问题,所以又通常被称为高性能计算集群。 HPC的业务特点 科学研究、气象预报、仿真实验、生物制药、基因测序、图像处理等行业都涉及高性能计算集群来解决大型计算问题,管理节点对计算任务进行分解,交给不同的计算节点完成计算。 各种业务场景下,因数据处

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  • Windows主机进行深度采集后系统镜像结果错误

    Windows主机进行深度采集后系统镜像结果错误 问题描述 在对Windows主机进行主机深度采集后,在资源详情的规格信息中,系统镜像显示乱码。 问题分析 出现该问题可能是因为该Windows主机的区域设置和显示语言不一致,从而导致采集系统镜像信息失败。 解决方法 您可以按照以下步骤进行排查和解决:

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  • 恢复归档或深度归档存储对象(Python SDK)

    恢复归档或深度归档存储对象(Python SDK) 功能说明 归档要先将对象恢复,然后再执行下载数据的操作。对象恢复后,会产生一个标准存储类型的对象副本,也就是说会同时存在标准存储类型的对象副本和归档或深度归档存储对象,在恢复对象的保存时间到期后标准存储类型的对象副本会自动删除。

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  • 恢复归档或深度归档存储对象(Java SDK)

    恢复归档或深度归档存储对象(Java SDK) 功能说明 如果要下载归档或深度归档存储对象,需要先将归档或深度归档存储对象恢复。恢复归档存储对象的恢复选项可支持两类,见下表: 选项 说明 OBS Java SDK对应值 快速恢复 恢复耗时1~5分钟。 RestoreTierEnum

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  • 基于CodeArts IDE Online、TensorFlow和Jupyter Notebook开发深度学习模型

    基于CodeArts IDE Online、TensorFlow和Jupyter Notebook开发深度学习模型 概要 准备工作 导入和预处理训练数据集 创建和训练模型 使用模型

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