单击“下一步”，进入参数设置页面。 选择基模型：支持选择基模型。此参数仅专业版支持。如果选择的基模型是非官方盘古药物大模型，则约束条件不支持官方机器学习属性，只支持以该基模型创建的属性模型作为约束条件。基模型列表见AI建模。 选择属性模型：选择AI模型。如果需要创建模型，可参考AI模型。此参数只有专业版

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下游分析：分子优化对应的下游分析为分子搜索、分子属性预测、分子优化和合成路径，单击“确定”即可创建。 下载3D：如果分子设置了靶点，可以单击“下载3D”下载优化后的小分子或者复合物，如果分子未设置靶点，单击“下载3D”只能下载小分子。 每个分子卡片上会展示相应分子序号与对应的参数Vina Score、QED、SaScore

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优化设置页面（2） 选择基模型：支持选择基模型。此参数仅专业版支持。如果选择的基模型是非官方盘古药物大模型，则约束条件不支持官方机器学习属性，只支持以该基模型创建的属性模型作为约束条件。基模型列表见AI建模。 选择属性模型：选择AI模型。如果需要创建模型，可参考AI模型。此参数只有专业版

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分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面

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分子搜索（MS） 新建分子搜索任务接口 查询分子搜索任务 父主题： API（AI辅助药物设计）

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分子优化（MO） 新建分子优化任务接口 查询分子优化任务 父主题： API（AI辅助药物设计）

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。 选择基模型：选择基模型，此参数只有专业版支持。基模型列表见AI建模。 选择属性模型：选择AI模型。如果需要创建模型，可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。 输出小分子表征：是否输出小分子表征文件，小

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分子生成（MG） 新建分子生成任务接口 查询分子生成任务 父主题： API（AI辅助药物设计）

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盘古药物分子大模型 盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型，旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构，模型参数上亿，是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在

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盘古药物分子大模型 盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型，旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构，模型参数上亿，是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在

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创建分子或分子复合物批量下载任务 功能介绍 创建分子或分子复合物批量下载任务。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download

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创建分子对接作业 功能介绍 创建分子对接作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id

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smiles String 分子SMILES表达式 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 num_fulfilled_weak_constraints Integer 分子所满足的弱约束数量 score Number 分子的打分 表7 MoleculeConstraint

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分子属性预测（MPP） ADMET属性预测接口 ADMET属性预测接口(默认+自定义属性) 父主题： API（AI辅助药物设计）

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创建分子聚类作业 功能介绍 创建分子聚类作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述

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limit_concurrency Integer 限制的并发量。 请求示例 创建分子搜索作业，作业名称为demo-job，分子SMILES表达式为string,从数据库中找到最相似top100的分子。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihe

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Array of objects 分子ADMET属性值列表 similarity Number 分子与初始分子的相似度 num_fulfilled_weak_constraints Integer 分子所满足的弱约束数量 score Number 分子的打分 表8 MoleculeConstraint

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smiles String 分子SMILES表达式 source String 分子所属的数据库来源 score Float 分子与查询分子的相似度 props Array of objects 分子ADMET属性值列表 请求示例 无 响应示例 状态码： 200 分子搜索任务查询成功响应

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查询分子或分子复合物批量下载任务详情 功能介绍 查询分子或分子复合物批量下载任务详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/batch-download/{task_id}

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在苗头化合物发现阶段，我们提供分子对接、口袋分子设计，分子属性预测功能，在分子对接中，我们预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段，提供分子优化、靶点口袋分子设计（骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成）、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的

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smiles_list 否 Array of strings 分子表达式列表。 最小长度：1 最大长度：512 数组长度：10 - 10000 molecule_file 否 DrugFile object 分子文件，分子表达式列表和分子文件二选一，分子文件优先级最高。 binding_sites

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