基于CCE的GATK4最佳实践流程 本节通过示例流程调用G CS 的API启动示例流程的基因测序，介绍使用GCS API的基本流程。 启动完成的基因测序结果如下所示。 通过GCS执行基因测序流程的步骤如下： 参照3.1-构造请求中的调用方式获取用户Token，因为在后续的请求中需要将Token放到请求消息头中作为认证。

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本文档提供基因容器服务API的描述、语法、参数说明及样例等内容。您可以根据表2查找您需要的内容。 表2 文档导读 阶段 相关链接 了解GCS接口组成及接口列表 API概览 接口调用方法及认证鉴权方法 如何调用API 接口调用示例，以GATK4为例 基于CCE的GATK4最佳实践流程 具体接口使用说明

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快速入门 基于CCE的GATK4最佳实践流程

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将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制，输出变异数目，变异类型统计等指标。

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管理Cromwell引擎 投递Cromwell任务 02 入门 基于基因容器提供的原始数据演示如何使用基因容器创建并执行GATK4最佳实践流程。 快速入门 入门必读 基于CCI执行GATK4最佳实践流程 04 实践 介绍基因容器在不同场景下的具体实践应用。 基本使用流程 使用命令行工具执行测序 使用第三方数据执行测序

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回的相关参数，仅在意图匹配图元有效，如需后续使用，需值给流程变量传递给后续节点。 IVRREQUEST：IVR请求变量，当IVR流程调用智能化流程时，通过IVR流程通过OIAP的对话接口传入的变量。 手工在选择的前缀后输入点(.)，并将光标聚焦到点后，系统关联显示可用参数，直接选择。

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Map<String,String> 参数值对象，用户基于默认参数模板自定义的参数值。为空时不修改参数值。 key：参数名称，如“div_precision_increment”，“connect_timeout”。为空时不修改参数值。 value：参数值，如“6”，“20”。key不为空时value也不可为空。

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表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 租户在某一region下的project ID。获取方法请参见获取项目ID。 config_id 是 String 参数模板ID。 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述

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输入参数 在定义“分析任务”时，首先需要定义分析任务的输入参数，该输入参数是用于定义计算公式中的形式参数，它的实际参数是对应于某个属性、或某些属性的值（即可能是单值或数组），通过3种属性引用类型来约定输入参数如何引用属性的值，详细解释如下： 引用本资产属性 利用资产模型对资产进行

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公共参数 对象模型 状态码 获取项目ID

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内联参数 此重构允许您使用方法调用中相应参数的值替换方法的参数。这与引入参数相反。 执行重构 在代码编辑器中，将光标放置在要内联其值的方法参数的声明或用法上。 在主菜单或编辑器上下文菜单中，选择Refactor>Inline Parameter。 示例 例如，让我们内联参数pi，将其替换为参数的值Math

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参数补全 代码补全建议列表中会按优先级排列项目中定义好的方法参数。 父主题： 代码补全

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-----------+-------+ ​ 表1 参数说明 参数名 级别 参数描述 idle_readonly_transaction_timeout global、session 控制只读事务连接的超时时间，单位为秒。 参数设置为0时不生效，即表示只读事务连接的超时时间没有限制。

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公共参数 通用请求返回值 错误码 获取项目ID

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配置参数 执行样例代码前，必须在hbase-site.xml配置文件中，配置正确的ZooKeeper集群的地址。 配置项如下： <property> <name>hbase.zookeeper.quorum</name> <value>xxx-zk1.cloudtable.com

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在左侧导航栏选择“应用网关 ”。 单击待操作的实例名称。 在左侧导航栏选择“网关配置 > 参数配置”。 单击待编辑参数“参数值”列的“编辑”，在弹出框中可根据实际需要编辑合适的值，具体参数见表1。 表1 连接超时时间参数 参数名 参数描述 取值范围 upstream.idleTimeout 作用于网关

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连接参数 表1 连接参数 参数 描述 host 要连接的主机名。如果主机名以斜杠开头，则它声明使用Unix域套接字通讯而不是TCP/IP通讯，该值就是套接字文件所存储的目录。如果没有声明host，那么默认是与位于/tmp目录（或者安装 GaussDB 的时候声明的套接字目录）里面的U

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参数管理 修改TaurusDB标准版实例参数 TaurusDB标准版参数调优建议 参数模板管理

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相关参数 物化性质（Physicochemical Property） Molecular Weight (MW)： 分子量大小，包含氢原子，最佳分子量在100~600之间。 Molecular Refractivity (MR)： 总极化率，取决于分子的温度、折射率和压力。 Volume：

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参数管理 更新任务的参数信息 查询任务参数配置列表 查询任务的参数配置修改历史 父主题： API v5（公测中）

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。 具体参数说明请参见GUC参数说明。 GUC参数设置 GaussDB提供了六类GUC参数，具体分类和设置方式请参考表1： 表1 GUC参数分类 参数类型 说明 设置方式 INTERNAL 固定参数，在创建数据库的时候确定，用户无法修改，只能通过show语法或者pg_settings视图进行查看。

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