使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。

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基于比对bam文件进行矫正。 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 图1 NGS执行步骤 图2 搭建步骤 父主题：

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资产市场 资产市场简介 使用Variant Calling Based On NGS流程 使用Docking Summary流程 使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 父主题： 用户指南（基因平台）

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源库表类型校验 Microsoft SQL Server为源同步场景 表1 源库表类型校验 预检查项 源库表类型校验。 描述 源库表不支持SQL_VARIANT、GEOMETRY、GEOGRAPHY数据类型，若存在该类型的数据，则导致同步失败。 待确认提示及处理建议 不通过原因：源库存在数据类型不支持同步的表。

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的输入。 依赖 Reference Genome 输入的参考基因组序列，已经通过bwa构建了index。 依赖 Variant Sets GATK4在做Variant Calling阶段需要输入的参考Variants数据集。 输出 FastQC Report 原始测序数据的质控报告，以HTML文件形式展示。

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基于比对bam文件进行矫正。 gatk-applybqsr:4.1.9.0 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。 gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 该镜像由gatk和parallel合并而成，以提高

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RNA-Seq-Dataset数据集包含RNA-Seq分析流程的测试数据（fastq）和流程包含软件STAR依赖的参考基因组。 流程 Variant Calling Based On NGS 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于

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--rawData ${json-file} --output ${html-file} --reference ${ref-file} --variant ${variants-file} CPU、内存和GPU CPU架构：X86 CPU需求：0.5 Memory：10 GPU类型：无 GPU需求：0

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INARY、IMAGE、HIERARCHYID、NTEXT、TEXT、UNIQUEIDENTIFIER。 不支持的字段类型：SQL_VARIANT、GEOMETRY、GEOGRAPHY。 增量同步的范围： 支持DML（Data Manipulation Language）：包括I

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t8u”。长度、默认值、偏移值的说明可参考2。 图45 插件开发-添加字段length 添加other_info字段，数据类型选择“variant”，表示可变长度数组类型的描述信息。“长度关联字段”选择“length”，表示当前可变长数组的长度由上报的length的值决定。“掩码

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INARY、IMAGE、HIERARCHYID、NTEXT、TEXT、UNIQUEIDENTIFIER。 不支持的字段类型：SQL_VARIANT、GEOMETRY、GEOGRAPHY。 增量同步的范围： 支持DML（Data Manipulation Language）：包括I

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INARY、IMAGE、HIERARCHYID、NTEXT、TEXT、UNIQUEIDENTIFIER。 不支持的字段类型：SQL_VARIANT、GEOMETRY、GEOGRAPHY。 全量同步的范围： 支持选中表的表结构、数据和索引。 同步对象的库名、表名只能包含如下字符：字

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INARY、IMAGE、HIERARCHYID、NTEXT、TEXT、UNIQUEIDENTIFIER。 不支持的字段类型：SQL_VARIANT、GEOMETRY、GEOGRAPHY。 全量同步的范围： 支持选中表的表结构、数据和索引。 同步对象的库名、表名只能包含如下字符：字

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个为都是0~9或a~f范围内的十六进制数字。 不支持 不支持 不支持 cursor 游标数据类型。 不支持 不支持 不支持 sql_variant 用于存储除文本，图形数据和timestamp数据外的其它任何合法的Sql Server数据，可以方便Sql Server的开发工作。

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个为都是0~9或a~f范围内的十六进制数字。 不支持 不支持 不支持 cursor 游标数据类型。 不支持 不支持 不支持 sql_variant 用于存储除文本，图形数据和timestamp数据外的其它任何合法的Sql Server数据，可以方便Sql Server的开发工作。

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more people to use the whole GNU operating system, as well as its variant, the GNU/Linux operating system. Although the Lesser General Public

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