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在AI4S科学计算平台上,借助大模型、Agent、RAG等能力,构建智能化助手从而辅助科学研究。
药研助手
基因助手
通用科研助手
资产市场是基于AI4S科学计算平台构建的开发者生态社区,致力于提供科研、生物医药、化学材料、流体仿真等多个领域的华为自研及开源的多元化工具套件,包括Notebooks、应用和流程。旨在提供一个安全、开放的环境,促进资产的共享与使用,从而加速生物医药、基因组分析、化学材料等领域的应用开发和实际应用。保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。
小分子药物设计
Notebooks
应用
AI4S科学计算平台中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。
应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至AI4S科学计算平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。
应用简介
创建应用
导入应用
上传应用
编辑应用
创建FastQC应用样例
下载应用
流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于“我的空间”页面“流程”页签中。在该页签中,以列表形式展示了空间中的流程。
流程简介
创建流程
流程设计器
导入流程
上传流程
下载流程
AI4S科学计算平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按空间维度进行隔离和划分,从空间角度进行数据的管理,不同空间的数据可以通过“引用”实现跨空间使用。
您可以在“我的空间”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、引用、复制、删除等操作。
数据简介
添加数据
数据管理常用操作
运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过AI4S科学计算平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。
Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
AI4S科学计算平台使用容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)进行简单易用、安全可靠的镜像管理。单击空间名称,进入所选空间,在“镜像”页签中,以列表形式展示了空间中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。
镜像简介
导入或上传镜像
安装容器引擎
获取镜像
制作Docker镜像
上传镜像到SWR镜像仓库
收藏夹用于收藏用户的小分子药物设计任务结果,通过单击相应的小分子药物设计作业名称跳转到作业详情页面,可以收藏大小分子,并在收藏夹中查看。收藏夹内分为小分子和大分子,小分子通常为低分子量的化合物,如蛋白质配体;大分子多为蛋白质靶点。
收藏夹简介
收藏夹使用限制
收藏分子
AI4S科学计算平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。
Notebook简介
创建Notebook
Notebook常用操作
数据的上传和下载
自定义镜像创建Notebook样例
JupyterLab简介及常用操作
分析作业依托于应用或者流程运行,需要您先创建应用或者创建流程,再基于应用或者流程创建分析作业。
分析作业
AI4S科学计算平台支持用户创建AI模型。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据,对盘古药物分子大模型进行微调,进行属性预测和迭代活性优化,实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据,对盘古药物分子大模型进行增量预训练,提升化合物表征精度。
属性模型
基模型
I4S科学计算平台支持用户自定义数据库,可以上传自己的数据构建自己的数据库,进行后续的分子搜索。
自定义数据库常见操作
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