如何将生物信息学软件封装为镜像并上传 本章节提供了在 EIHealth 平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后

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SDK或者特定领域的学件SDK中。 如果需要将算子的变量暴露为参数，供用户输入，需要在代码中以“<变量名> = <变量值>”的格式体现，供后续开发表单时使用。 针对“加载数据”算子，可参考JupyterLab环境界面右上角内置的“数据处理 > 数据集 > 加载数据”算子进行定制。 学件主文件的代码样例，如下所示：

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py”文件为学件对象的定义样例，需要根据学件自行定制。 naie_platform：NAIE SDK相关参数配置信息。 requirements.txt：自定义学件依赖包的列表。 custom_01.ipynb：学件的主文件。 图2 自定义学件项目 父主题： 开发学件

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创建算子组 提取算子前，需要创建算子组。算子通过“<算子组ID.算子ID>”来确定全局唯一性。因为学件算子与内置算子功能相近，为避免算子ID冲突，建议为每个学件创建单独的算子组。 支持在任意Cell中，右键单击，从下拉框中选择“创建算子组”。 弹出“创建算子组”对话框，配置示例如图1所示。参数说明如下所示：

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自定义算法运行接口（当前支持Pregel编程模型） 在内置图分析算法不能满足用户需求的时候，HyG允许用户在Pregel编程模型中使用python语言实现自定义算法。其中，运行pregel自定义算法的接口是: BaseGraph.run_pregel(model:class, result_filter=None

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本实例演示如何使用动态注册命令方式新增一个名为test的Shell命令。定义一个新增命令所要调用的命令处理函数cmd_test。使用osCmdReg函数添加新增命令项。通过make menuconfig使能Shell。重新编译代码后运行。定义命令所要调用的命令处理函数cmd_test：#include "shell.h" #include

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上传数据和算法至SFS（首次使用时需要） 前提条件 E CS 服务器已挂载SFS，请参考ECS 服务器 挂载SFS Turbo存储。 在ECS中已经创建ma-user和ma-group用户，请参考在ECS中创建ma-user和ma-group。 已经安装obsutil，请参考下载和安装obsutil。

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KcoreSample K核算法 KhopSample K跳算法 ShortestPathSample 最短路径算法 AllShortestPathsSample 全最短路径算法 FilteredShortestPathSample 带一般过滤条件最短路径 SsspSample 单源最短路径算法 Sh

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子图匹配（subgraph matching）算法的目的是在一个给定的大图里面找到与一个给定小图同构的子图，这是一种基本的图查询操作，意在发掘图重要的子结构。 适用场景 子图匹配（subgraph matching）算法适用于社交网络分析、生物信息学、交通运输、群体发现、异常检测等领域。

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本实例演示如何使用静态注册命令方式新增一个名为test的Shell命令。定义一个新增命令所要调用的命令处理函数cmd_test。使用SHELLCMD_ENTRY函数添加新增命令项。在liteos_tables_ldflags.mk中添加链接该新增命令项参数。通过make menuconfig使能Shell。重新编译代码后运行。定义命令所要

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无编程访问权限 调用API时，出现"code":403,"message":"This user only supports console access, not programmatic access."表示用户没有编程访问权限。 子用户没有编程访问权限，需要联系主账户进行权限设置。

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Pregel编程接口 用户在实现UserPregelAlgorithm中的方法init和compute时主要依赖于PregelContext对象，该对象提供如下API： 表1 PregelContext API 方法和属性 描述 说明 ext_id(nid)->int 获取当前点

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镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台

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上传数据和算法至OBS（首次使用时需要） 前提条件 已经在OBS上创建好并行文件系统，请参见创建并行文件系统。 已经在obsutil安装和配置，请参见obsutils安装和配置。 准备数据 单击下载动物数据集至本地，并解压。 通过obsutil将数据集上传至OBS桶中。 ./obsutil

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算法 代码样例文件路径 样例方法名 对应的API com.huawei.ges.graph.sdk.v1.examples.persistence testShortestPath 最短路径算法 testShortestPathOfVertexSets 点集最短路径算法 test

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算法 代码样例文件路径 样例方法名 对应的API com.huawei.ges.graph.sdk.v1.examples.persistence testShortestPath 最短路径算法 testShortestPathOfVertexSets 点集最短路径算法 test

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模型测试 将样例数据中的测试数据集加载至当前学件项目中，进行数据预处理，并基于训练出的模型进行效果验证。 单击界面左下角的“加载数据”，弹出“加载数据”代码框，如图1所示。 需要配置的参数如下所示，其余参数保持默认值即可。 数据集：从下拉框中选择数据集“samples”。 数据集

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关键概念 镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平

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自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。 图1 使用流程

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在如图2所示的model目录中。将model目录导出，使用新数据，直接利用已有的特征和参数、算法和参数，就可以实现模型重训练。 model目录的上级目录“learnware”是用户创建的学件项目名称。 model目录的子目录含义如下所示： feature_file：存放推荐的特征配置列表文件和KPI特征画像文件。

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les') samples.load_dataset('samples', 'rca_forest_kpi') 父主题： 硬盘故障根因分析学件

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