文档首页/ AI科学计算服务/ API参考/ API/ 小分子药物设计/ 药物通用接口/ 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构
更新时间:2025-07-08 GMT+08:00
分享

将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构

功能介绍

将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

String

参数解释

项目ID,您可以从获取项目ID中获取。

约束限制

不涉及

取值范围

仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

eihealth_project_id

String

参数解释

空间ID。

约束限制

不涉及

取值范围

仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

String

参数解释

用户Token。

Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

约束限制

不涉及

取值范围

长度为[1-32768]个字符。

默认取值

不涉及

表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

receptor

RunReceptorPreprocessReq object

参数解释

受体蛋白文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

ligand

ReceptorDrugFileReq object

参数解释

配体小分子文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

表4 RunReceptorPreprocessReq

参数

是否必选

参数类型

描述

file

ReceptorDrugFileReq object

参数解释

受体文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

remove_water

Boolean

参数解释

去除水分子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除水分子。

  • false:不去除水分子。

默认取值

false

remove_ion

Boolean

参数解释

去除离子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除离子。

  • false:不去除离子。

默认取值

false

remove_ligand

Boolean

参数解释

去除配体分子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除配体分子。

  • false:不去除配体分子。

默认取值

false

add_hydrogen

Boolean

参数解释

增加氢原子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:增加氢原子。

  • false:不增加氢原子。

默认取值

false

表5 ReceptorDrugFileReq

参数

是否必选

参数类型

描述

source

String

参数解释

受体数据源。

约束限制

不涉及

取值范围

  • EXTRANET:外部网络数据

  • PRIVATE:私有数据

  • PUBLIC:公共数据

  • RAW:源数据

默认取值

不涉及

url

String

参数解释

文件URL。

约束限制

当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址。

取值范围

文件URL需以pdb结尾,长度为[1-2000]个字符。

默认取值

不涉及

format

String

参数解释

文件格式。

约束限制

当数据源source为RAW时提供。

取值范围

仅支持PDB。

默认取值

不涉及

data

String

参数解释

文件原始数据。

约束限制

当数据源source为RAW时提供。

取值范围

长度为[0-10000000]个字符。

默认取值

不涉及

add_hydrogen

Boolean

参数解释

是否增加氢原子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:增加氢原子

  • false:不增加氢原子

默认取值

true

响应参数

状态码:200

蛋白小分子拼接复合物结果字符串。

请求示例

设置受体蛋白文件为test.pdb,配体小分子为test_ligand.pdb,拼接成复合物结构。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine

{
  "receptor" : {
    "file" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/test.pdb"
    }
  },
  "ligand" : {
    "source" : "PRIVATE",
    "url" : "project:/test_ligand.pdb"
  }
}

响应示例

状态码:200

蛋白小分子拼接复合物结果字符串。

REMARK   1 CREATED WITH OPENMM 7.7, 2023-10-31
CRYST1   48.140   48.140  135.230  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  N   ALA A   1      35.884  42.999  47.573  1.00  0.00           N
ATOM      2  H   ALA A   1      35.251  42.514  48.472  1.00  0.00           H
ATOM      3  H2  ALA A   1      34.961  43.642  47.135  1.00  0.00           H
ATOM      4  H3  ALA A   1      36.444  43.875  48.190  1.00  0.00           H
ATOM      5  CA  ALA A   1      36.605  42.605  46.370  1.00  0.00           C
ATOM      6  HA  ALA A   1      36.266  43.206  45.396  1.00  0.00           H
ATOM      7  C   ALA A   1      36.452  41.114  46.099  1.00  0.00           C
ATOM      8  O   ALA A   1      36.341  40.696  44.945  1.00  0.00           O
...
HETATM   32  C4  UNL Z   1      -1.619   0.123  -1.621 +0.00 +0.00           C
HETATM   33  C5  UNL Z   1      -0.461   0.209  -0.648 +0.00 -0.00           C
HETATM   34  C6  UNL Z   1       0.464   1.262  -0.731 +0.00 +0.00           C
HETATM   35  C7  UNL Z   1       1.530   1.346   0.178 +0.00 +0.00           C
HETATM   36  C9  UNL Z   1       1.653   0.391   1.191 +0.00 +0.00           C
HETATM   37  C10 UNL Z   1       0.748  -0.676   1.263 +0.00 +0.00           C
HETATM   38  C11 UNL Z   1      -0.302  -0.765   0.348 +0.00 +0.00           C
HETATM   39  C8  UNL Z   1       2.511   2.436  -0.027 +0.00 +0.00           C
HETATM   40  O2  UNL Z   1       3.062   3.028   0.891 +0.00 -0.00           O
HETATM   41  C12 UNL Z   1       2.682   0.463   2.236 +0.00 +0.00           C
HETATM   42  O4  UNL Z   1       3.273  -0.478   2.728 +0.00 -0.01           O
HETATM   43  O3  UNL Z   1       2.796   1.722   2.692 +0.00 -0.01           O
HETATM   44  H12 UNL Z   1       3.751   1.920   2.595 +0.00 +0.00           H
TER
ENDMDL

状态码

状态码

描述

200

蛋白小分子拼接复合物结果字符串。

错误码

请参见错误码

相关文档