将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构
功能介绍
将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构。
URI
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
project_id |
是 |
String |
参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 约束限制: 不涉及 取值范围: 仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。 默认取值: 不涉及 |
eihealth_project_id |
是 |
String |
参数解释: 空间ID。 约束限制: 不涉及 取值范围: 仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。 默认取值: 不涉及 |
请求参数
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
X-Auth-Token |
是 |
String |
参数解释: 用户Token。 Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 约束限制: 不涉及 取值范围: 长度为[1-32768]个字符。 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
receptor |
是 |
RunReceptorPreprocessReq object |
参数解释: 受体蛋白文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
ligand |
是 |
ReceptorDrugFileReq object |
参数解释: 配体小分子文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
file |
是 |
ReceptorDrugFileReq object |
参数解释: 受体文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
remove_water |
否 |
Boolean |
参数解释: 去除水分子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: false |
remove_ion |
否 |
Boolean |
参数解释: 去除离子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: false |
remove_ligand |
否 |
Boolean |
参数解释: 去除配体分子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: false |
add_hydrogen |
否 |
Boolean |
参数解释: 增加氢原子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: false |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
source |
是 |
String |
参数解释: 受体数据源。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
url |
否 |
String |
参数解释: 文件URL。 约束限制: 当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址。 取值范围: 文件URL需以pdb结尾,长度为[1-2000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
format |
否 |
String |
参数解释: 文件格式。 约束限制: 当数据源source为RAW时提供。 取值范围: 仅支持PDB。 默认取值: 不涉及 |
data |
否 |
String |
参数解释: 文件原始数据。 约束限制: 当数据源source为RAW时提供。 取值范围: 长度为[0-10000000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
add_hydrogen |
否 |
Boolean |
参数解释: 是否增加氢原子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: true |
响应参数
状态码:200
蛋白小分子拼接复合物结果字符串。
无
请求示例
设置受体蛋白文件为test.pdb,配体小分子为test_ligand.pdb,拼接成复合物结构。
https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine { "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/test.pdb" } }, "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/test_ligand.pdb" } }
响应示例
状态码:200
蛋白小分子拼接复合物结果字符串。
REMARK 1 CREATED WITH OPENMM 7.7, 2023-10-31 CRYST1 48.140 48.140 135.230 90.00 90.00 90.00 P 1 1 ATOM 1 N ALA A 1 35.884 42.999 47.573 1.00 0.00 N ATOM 2 H ALA A 1 35.251 42.514 48.472 1.00 0.00 H ATOM 3 H2 ALA A 1 34.961 43.642 47.135 1.00 0.00 H ATOM 4 H3 ALA A 1 36.444 43.875 48.190 1.00 0.00 H ATOM 5 CA ALA A 1 36.605 42.605 46.370 1.00 0.00 C ATOM 6 HA ALA A 1 36.266 43.206 45.396 1.00 0.00 H ATOM 7 C ALA A 1 36.452 41.114 46.099 1.00 0.00 C ATOM 8 O ALA A 1 36.341 40.696 44.945 1.00 0.00 O ... HETATM 32 C4 UNL Z 1 -1.619 0.123 -1.621 +0.00 +0.00 C HETATM 33 C5 UNL Z 1 -0.461 0.209 -0.648 +0.00 -0.00 C HETATM 34 C6 UNL Z 1 0.464 1.262 -0.731 +0.00 +0.00 C HETATM 35 C7 UNL Z 1 1.530 1.346 0.178 +0.00 +0.00 C HETATM 36 C9 UNL Z 1 1.653 0.391 1.191 +0.00 +0.00 C HETATM 37 C10 UNL Z 1 0.748 -0.676 1.263 +0.00 +0.00 C HETATM 38 C11 UNL Z 1 -0.302 -0.765 0.348 +0.00 +0.00 C HETATM 39 C8 UNL Z 1 2.511 2.436 -0.027 +0.00 +0.00 C HETATM 40 O2 UNL Z 1 3.062 3.028 0.891 +0.00 -0.00 O HETATM 41 C12 UNL Z 1 2.682 0.463 2.236 +0.00 +0.00 C HETATM 42 O4 UNL Z 1 3.273 -0.478 2.728 +0.00 -0.01 O HETATM 43 O3 UNL Z 1 2.796 1.722 2.692 +0.00 -0.01 O HETATM 44 H12 UNL Z 1 3.751 1.920 2.595 +0.00 +0.00 H TER ENDMDL
状态码
状态码 |
描述 |
---|---|
200 |
蛋白小分子拼接复合物结果字符串。 |
错误码
请参见错误码。