创建靶点优化作业
功能介绍
创建靶点优化作业。
URI
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
project_id |
是 |
String |
参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 约束限制: 不涉及 取值范围: 仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。 默认取值: 不涉及 |
eihealth_project_id |
是 |
String |
参数解释: 空间ID。 约束限制: 不涉及 取值范围: 仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。 默认取值: 不涉及 |
请求参数
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
X-Auth-Token |
是 |
String |
参数解释: 用户Token。 Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 约束限制: 不涉及 取值范围: 长度为[1-32768]个字符。 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
basic_info |
是 |
CreateDrugJobBasicInfo object |
参数解释: 创建药物作业基本信息。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
receptor |
是 |
TargetOptReceptor object |
参数解释: 受体文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
ligand |
否 |
TargetOptLigand object |
参数解释: 配体文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
md_params |
否 |
MdParam object |
参数解释: MD参数配置。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
name |
是 |
String |
参数解释: 作业名称。 约束限制: 不涉及 取值范围: 长度范围[5-64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 默认取值: 不涉及 |
labels |
否 |
Array of strings |
参数解释: 标签。 约束限制: 标签数量范围为[0-5],单个标签长度为[1-32]个字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),且不能以空格开头或结尾。 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
upstream_job_info |
否 |
String |
参数解释: 上游作业信息。 约束限制: 不涉及 取值范围: 长度为[1-10240]个字符。 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
file |
是 |
ReceptorDrugFile object |
受体文件。 |
balanced_charge |
否 |
Boolean |
参数解释: 是否平衡电荷。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: true |
water_model |
否 |
String |
参数解释: 水模型。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: tip3p |
force_field |
否 |
String |
参数解释: 蛋白立场。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: amber99sb |
ion_type |
否 |
String |
参数解释: 离子种类。 约束限制: 如果设置了平衡电荷不支持选择None。 取值范围:
默认取值: NaCl |
ion_concentration |
否 |
Float |
参数解释: 离子浓度,单位 mol/L。 约束限制: 如果离子种类设置为None,离子浓度不支持设置。 取值范围: 0-5.0 默认取值: 0.15 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
source |
是 |
String |
参数解释: 受体的数据源。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
url |
否 |
String |
参数解释: 文件URL。 约束限制: 当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址。 取值范围: 文件URL仅支持以.pdb格式结尾,长度为[1-2000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
format |
否 |
String |
参数解释: 文件格式。 约束限制: 仅数据源source为RAW时提供。 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
data |
否 |
String |
参数解释: 文件原始数据。 约束限制: 仅数据源source为RAW时提供。 取值范围: 长度为[0-10000000]个字符 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
file |
是 |
ProbeDrugFile object |
配体文件。 |
force_field |
否 |
String |
参数解释: 配体力场,支持选择gaff、gaff2。 约束限制: 取值范围:
默认取值: gaff |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
source |
是 |
String |
参数解释: 受体的数据源。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
url |
否 |
String |
参数解释: 文件URL。 约束限制: 当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址。 取值范围: 文件URL仅支持以.pdb、.mol2、.sdf为结尾,长度为[1-2000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
format |
否 |
String |
参数解释: 文件格式。 约束限制: 仅数据源source为RAW时提供。 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
data |
否 |
String |
参数解释: 文件原始数据。 约束限制: 仅数据源source为RAW时提供。 取值范围: 长度为[0-10000000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
timestep_size |
否 |
Float |
参数解释: MD模拟的时间步长,单位fs。 约束限制: 不涉及 取值范围: 0-5.0 默认取值: 2 |
temperature |
否 |
Float |
参数解释: MD模拟的温度,单位K。 约束限制: 不涉及 取值范围: 0-1000.0 默认取值: 300 |
step_params |
否 |
MdStepParam object |
参数解释: 计算步骤参数。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
energy_minimization_steps |
否 |
Integer |
参数解释: 能量最小化的步骤。 约束限制: 不涉及 取值范围: 1-50000 默认取值: 10000 |
nvt |
否 |
Float |
参数解释: 等温等体步骤模拟的时长,单位ps。 约束限制: 不涉及 取值范围: 0-1000.0 默认取值: 200 |
npt |
否 |
Float |
参数解释: 等压等温步骤模拟的时长,单位ps。 约束限制: 不涉及 取值范围: 0-1000.0 默认取值: 500 |
simulation_time |
否 |
Float |
参数解释: 平衡步骤模拟的时长,单位ns。 约束限制: 不涉及 取值范围: 0-50.0 默认取值: 50 |
响应参数
状态码:201
参数 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|
id |
String |
参数解释: 作业ID。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
limit_concurrency |
Integer |
参数解释: 限制的并发量。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
请求示例
创建靶点优化作业,作业名称为demo-job,受体文件为project:/dir/file,配体文件为project:/dir/file,时间步长为2fs,温度为300k,能量最小化步数为10000,nvt为200ps,npt为500ps,平衡步骤模拟时长为50ns。
https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "balanced_charge" : true, "water_model" : "tip3p", "force_field" : "amber99sb", "ion_type" : "NaCl", "ion_concentration" : 0.15 }, "ligand" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "force_field" : "gaff" }, "md_params" : { "timestep_size" : 2, "temperature" : 300, "step_params" : { "energy_minimization_steps" : 10000, "nvt" : 200, "npt" : 500, "simulation_time" : 50 } } }
响应示例
状态码:201
CREATED
-
创建靶点优化作业成功。
{ "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" }
-
创建靶点优化作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。
{ "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
状态码
状态码 |
描述 |
---|---|
201 |
CREATED |
错误码
请参见错误码。