HPC
Contexto
HPC es la abreviatura de computación de alto rendimiento. Un sistema o entorno HPC se compone de un único sistema informático con muchas CPU, o un clúster de múltiples clústeres informáticos. Puede manejar una gran cantidad de datos y realizar una computación de alto rendimiento que sería bastante difícil para los PC. HPC tiene una capacidad ultra alta en computación de coma flotante y se puede utilizar para campos de computación intensiva y de datos intensivos, como el diseño industrial, la biociencia, la exploración energética, la representación de imágenes y la computación heterogénea. Diferentes escenarios ponen diferentes requisitos en el sistema de archivos:
- Diseño industrial: En la fabricación de automóviles, CAE y software de simulación CAD son ampliamente utilizados. Cuando el software está funcionando, los nodos informáticos necesitan comunicarse estrechamente entre sí, lo que requiere un alto ancho de banda y una baja latencia del sistema de archivos.
- Biociencia: El sistema de archivos debe tener un gran ancho de banda y un gran almacenamiento, y ser fácil de expandir.
- Bioinformática: Para secuenciar, coser y comparar genes.
- Dinámica molecular: Para simular los cambios de proteínas a nivel molecular y atómico.
- Nuevo medicamento R&D: Para completar la detección de alto rendimiento (HTS) para acortar el ciclo R&D y reducir la inversión.
- Exploración energética: Las operaciones de campo, la prospección geológica, el procesamiento e interpretación de datos geológicos y la identificación de yacimientos de petróleo y gas requieren una gran memoria y un gran ancho de banda del sistema de archivos.
- Renderización de imágenes: El procesamiento de imágenes, el procesamiento 3D y el procesamiento frecuente de archivos pequeños requieren un alto rendimiento de lectura/escritura, gran capacidad y un alto ancho de banda de los sistemas de archivos.
- Computación heterogénea: Los elementos informáticos pueden tener diferentes arquitecturas de conjuntos de instrucciones, lo que requiere que el sistema de archivos proporcione un alto ancho de banda y una baja latencia.
SFS es un servicio de almacenamiento compartido basado en sistemas de archivos. Cuenta con intercambio de datos de alta velocidad, almacenamiento dinámico en niveles, así como cambio de tamaño bajo demanda, fluido y en línea. Estas extraordinarias características permiten a SFS cumplir con los exigentes requisitos de HPC en cuanto a capacidad de almacenamiento, rendimiento, IOPS y latencia.
Una compañía biológica necesita realizar una gran cantidad de secuenciación génica usando software. Sin embargo, debido a los pasos triviales, la implementación lenta, el proceso complejo y la baja eficiencia, los clústeres autoconstruidos son reacios a mantenerse al día con el desarrollo del negocio. Sin embargo, las cosas están mejorando desde que la empresa recurrió a un software profesional de gestión de procesos de servicio HPC. Con los recursos de computación y almacenamiento masivos de la plataforma en la nube, la inversión inicial y el costo durante O&M se reducen considerablemente, se acorta el tiempo de implementación del servicio y se aumenta la eficiencia.
Proceso de configuración
- Organizar los archivos de secuenciación de ADN que se van a cargar.
- Inicie sesión en SFS Consola. Cree un sistema de archivos para almacenar los archivos de secuenciación de ADN.
- Inicie sesión en los servidores que funcionan como nodo principal y nodo de cómputo, y monte el sistema de archivos.
- En el nodo principal, cargue los archivos en el sistema de archivos.
- En el nodo de cómputo, edite los archivos.
Prerrequisitos
- Se ha creado una VPC.
- Se han creado ECS que funcionan como nodos de cabeza y nodos de cómputo, y se han asignado a la VPC. Para obtener más información acerca de cómo cargar archivos de secuenciación de genes locales en SFS Orientado a la capacidad, consulte Migración de datos mediante Direct Connect.
- Se ha habilitado SFS.
Ejemplo de configuración
- Inicie sesión en SFS Consola.
- En la esquina superior derecha de la página, haga clic en Create File System.
- En la página Create File System, establezca los parámetros según las instrucciones.
- Una vez completada la configuración, haga clic en Create Now.
Para montar un sistema de archivos en ECS de Linux, consulte Montaje de un sistema de archivos NFS en ECS (Linux). Para montar un sistema de archivos en ECS de Windows, consulte Montaje de un sistema de archivos NFS en ECS (Windows) y Montaje de un sistema de archivos CIFS en ECS (Windows).
- Inicie sesión en el nodo principal y cargue los archivos en el sistema de archivos.
- Iniciar la secuenciación génica, y el nodo de cálculo obtiene el archivo de secuenciación génica del sistema de archivos montado para el cálculo.
