更新时间:2025-07-08 GMT+08:00
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创建靶点口袋分子设计作业

功能介绍

创建靶点口袋分子设计作业。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

String

参数解释

项目ID,您可以从获取项目ID中获取。

约束限制

不涉及

取值范围

仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

eihealth_project_id

String

参数解释

空间ID。

约束限制

不涉及

取值范围

仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

String

参数解释

用户Token。

Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

约束限制

不涉及

取值范围

长度为[1-32768]个字符。

默认取值

不涉及

表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

basic_info

CreateDrugJobBasicInfo object

参数解释

创建药物作业基本信息。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

receptor

PocketMolDesignReceptorDto object

参数解释

靶点文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

ligands

Array of PocketFragment objects

参数解释

配体文件列表。

约束限制

配体数量范围为[0-1]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

num_trials

Integer

参数解释

生成分子数量。

约束限制

不涉及

取值范围

1-5000

默认取值

1000

model_ids

Array of strings

参数解释

模型ID列表。

约束限制

模型ID数量范围为[0-10],模型ID长度为[1-128]个字符。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

molecular_weight

Array of integers

参数解释

分子量范围。

约束限制

数组数量固定为2,数组元素取值范围为[1-1000]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

optimization_mode

String

参数解释

靶点口袋分子设计模式。

约束限制

不涉及

取值范围

  • generation:从头生成。

  • side_chains_decoration:侧链修饰。

  • scaffold_hopping:股架跃迁。

  • fragment_growing:片段生长。

默认取值

不涉及

base_model_id

String

参数解释

基模型ID。

约束限制

当optimization_mode为generation时,可选择PanguDrug3D、Lingo3DMol,当为其他方式时,仅可选择可选择PanguDrug3D。

取值范围

  • PanguDrug3D

  • Lingo3DMol

默认取值

不涉及

表4 CreateDrugJobBasicInfo

参数

是否必选

参数类型

描述

name

String

参数解释

作业名称。

约束限制

不涉及

取值范围

长度范围[5-64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。

默认取值

不涉及

labels

Array of strings

参数解释

标签。

约束限制

标签数量范围为[0-5],单个标签长度为[1-32]个字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),且不能以空格开头或结尾。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

upstream_job_info

String

参数解释

上游作业信息。

约束限制

不涉及

取值范围

长度为[1-10240]个字符。

默认取值

不涉及

表5 PocketMolDesignReceptorDto

参数

是否必选

参数类型

描述

file

ReceptorDrugFile object

参数解释

靶点文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

bounding_box

BoundingBoxDto object

参数解释

结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

remove_ion

Boolean

参数解释

去除受体中的离子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除

  • false:不去除

默认取值

true。

remove_water

Boolean

参数解释

去除受体中的水分子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除

  • false:不去除

默认取值

true。

remove_ligand

Boolean

参数解释

去除受体中的配体分子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除

  • false:不去除

默认取值

true

add_hydrogen

Boolean

参数解释

增加氢原子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:增加氢原子。

  • false:不增加氢原子。

默认取值

false。

表6 ReceptorDrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

String

参数解释

受体的数据源。

约束限制

不涉及

取值范围

  • EXTRANET:外部网络数据

  • PRIVATE:私有数据

  • PUBLIC:公共数据

  • RAW :源数据

默认取值

不涉及

url

String

参数解释

文件URL。

约束限制

当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址。

取值范围

文件URL仅支持以.pdb格式结尾,长度为[1-2000]个字符。

默认取值

不涉及

format

String

参数解释

文件格式。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

  • PDB:PDB文件

默认取值

不涉及

data

String

参数解释

文件原始数据。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

长度为[0-10000000]个字符

默认取值

不涉及

表7 BoundingBoxDto

参数

是否必选

参数类型

描述

center

Array of doubles

参数解释

口袋中心坐标,x、y、z 轴的坐标。

约束限制

坐标数量固定为3,坐标大小范围为[-9999999-99999999]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

size

Array of floats

参数解释

口袋尺寸大小,x、y、z轴的大小。

约束限制

数组元素数量固定为3,x、y、z轴的大小范围为[2-500]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

padding

Float

参数解释

填充。

约束限制

不涉及

取值范围

0-20

默认取值

不涉及

表8 PocketFragment

参数

是否必选

参数类型

描述

source

String

参数解释

受体的数据源。

约束限制

不涉及

取值范围

  • EXTRANET:外部网络数据

  • PRIVATE:私有数据

  • PUBLIC:公共数据

  • RAW :源数据

默认取值

不涉及

url

String

参数解释

文件URL。

约束限制

当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址。

取值范围

文件仅支持以.pdb、.mol2、.sdf、.smi、.cif为结尾,长度为[1-2000]个字符。

默认取值

不涉及

format

String

参数解释

文件格式。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

  • PDB:

  • SDF:

  • MOL2:

  • SMI:

默认取值

不涉及

name

String

参数解释

原始配体名称。

约束限制

仅RAW类型时用于配体名称标识。

取值范围

长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

data

String

参数解释

文件原始数据。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

长度为[0-10000000]个字符。

默认取值

不涉及

edited

EditedLigand object

参数解释

编辑后的配体。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

label_sites

LabelSite object

参数解释

标记位点。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

表9 EditedLigand

参数

是否必选

参数类型

描述

source

String

参数解释

文件来源,仅支持RAW。

约束限制

不涉及

取值范围

  • RAW:源数据。

默认取值

不涉及

format

String

参数解释

文件格式,仅支持CIF。

约束限制

不涉及

取值范围

  • CIF

默认取值

不涉及

data

String

参数解释

文件原始数据。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

长度为[0-10000000]个字符。

默认取值

不涉及

表10 LabelSite

参数

是否必选

参数类型

描述

index

Array of integers

参数解释

索引。

约束限制

索引数量为[0-50],索引大小取值范围为[0-9999]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

name

Array of strings

参数解释

标记位点名称。

约束限制

标记位点数量为[0-50],标记位点长度为[1-128]个字符。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

coordinate

Array<Array<Number>>

参数解释

位点三维坐标集。

约束限制

位点数量范围为[0-50]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

响应参数

状态码:201

表11 响应Body参数

参数

参数类型

描述

id

String

参数解释

作业ID。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

limit_concurrency

Integer

参数解释

限制的并发量。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

请求示例

创建靶点口袋分子设计作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,小分子片段文件为project:/dir/file,自定义属性预测id为xxxxxx,分子量约束为200-600,预期的最大输出为5000个。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design

{
  "basic_info" : {
    "name" : "demo-job",
    "labels" : [ "labelA" ]
  },
  "receptor" : {
    "file" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/dir/file"
    },
    "bounding_box" : {
      "center" : [ 0, 0, 0 ],
      "size" : [ 10, 10, 10 ],
      "padding" : 10
    },
    "remove_water" : false,
    "remove_ion" : false
  },
  "ligands" : [ {
    "source" : "PRIVATE",
    "url" : "project:/dir/file"
  } ],
  "model_ids" : [ "xxxxxx" ],
  "molecular_weight" : [ 200, 600 ],
  "optimization_mode" : "generation",
  "base_model_id" : "PanguDrug3D"
}

响应示例

状态码:201

CREATED

  • 创建靶点口袋分子设计作业成功。

    {
      "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1"
    }
  • 创建靶点口袋分子设计作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。

    {
      "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1",
      "limit_concurrency" : 50
    }

状态码

状态码

描述

201

CREATED

错误码

请参见错误码

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