更新时间:2025-07-08 GMT+08:00
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单分子预对接

功能介绍

单分子预对接。

URI

POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking

表1 路径参数

参数

是否必选

参数类型

描述

project_id

String

参数解释

项目ID,您可以从获取项目ID中获取。

约束限制

不涉及

取值范围

仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

eihealth_project_id

String

参数解释

空间ID。

约束限制

不涉及

取值范围

仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。

默认取值

不涉及

请求参数

表2 请求Header参数

参数

是否必选

参数类型

描述

X-Auth-Token

String

参数解释

用户Token。

Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。

约束限制

不涉及

取值范围

长度为[1-32768]个字符。

默认取值

不涉及

表3 请求Body参数

参数

是否必选

参数类型

描述

receptor

ReceptorDto object

参数解释

受体文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

ligand

DrugFile object

参数解释

配体文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

engine

String

参数解释

引擎。

约束限制

不涉及

取值范围

  • DSDP

  • AUTODOCK_VINA

默认取值

AUTODOCK_VINA

表4 ReceptorDto

参数

是否必选

参数类型

描述

name

String

参数解释

靶点名称,仅支持target1、target2。

约束限制

不涉及

取值范围

  • target1:靶点名称target1。

  • target2:靶点名称target2。

默认取值

不涉及

receptor

ReceptorDrugFile object

参数解释

受体文件。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

bounding_box

BoundBoxDto object

参数解释

结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

remove_ion

Boolean

参数解释

去除受体中的离子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除受体中的离子。

  • false:不去除受体中的离子。

默认取值

true

remove_water

Boolean

参数解释

去除受体中的水分子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除受体中水分子。

  • false:不去除受体中水分子。

默认取值

true

remove_ligand

Boolean

参数解释

去除受体中的配体分子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:去除受体中配体分子。

  • false:不去除受体中配体分子。

默认取值

true

add_hydrogen

Boolean

参数解释

增加氢原子。

约束限制

不涉及

取值范围

  • true:增加氢原子。

  • false:不增加氢原子。

默认取值

false

表5 ReceptorDrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

String

参数解释

受体数据源。

约束限制

不涉及

取值范围

  • EXTRANET:外部网络数据

  • PRIVATE:私有数据

  • PUBLIC:公共数据

  • RAW:源数据

默认取值

不涉及

url

String

参数解释

文件URL。

约束限制

当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。

取值范围

URL仅支持.pdb结尾,长度为[1-2000]个字符

默认取值

不涉及

format

String

参数解释

文件格式,仅支持PDB。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

  • PDB

默认取值

不涉及

data

String

参数解释

文件原始数据。

约束限制

仅数据源source为RAW时提供。

取值范围

长度为[0-10000000]个字符。

默认取值

不涉及

表6 BoundBoxDto

参数

是否必选

参数类型

描述

center

Array of doubles

参数解释

口袋中心坐标,x、y、z轴的坐标。

约束限制

坐标数量固定为3,坐标大小取值为[-9999999-99999999]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

size

Array of floats

参数解释

口袋尺寸大小,x、y、z轴的大小。

约束限制

数组长度固定为3,数组元素取值范围为[2-500]。

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

padding

Float

参数解释

填充。

约束限制

不涉及

取值范围

0-20

默认取值

不涉及

表7 DrugFile

参数

是否必选

参数类型

描述

source

String

参数解释

受体数据源。

约束限制

不涉及

取值范围

  • EXTRANET:外部网络数据

  • PRIVATE:私有数据

  • PUBLIC:公共数据

  • RAW:源数据

默认取值

不涉及

url

String

参数解释

文件URL。

约束限制

当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址

取值范围

文件仅URL仅支持以.pdb、.mol2、.sdf、.smi为结尾,长度为[1-2000]个字符。

默认取值

不涉及

format

String

参数解释

文件格式。

约束限制

当数据源source为RAW时提供。

取值范围

  • PDB:PDB文件

  • SDF:SDF文件

  • MOL2:MOL2文件

  • SMI:SMI文件

默认取值

不涉及

data

String

参数解释

文件原始数据。

约束限制

当数据源source为RAW时提供。

取值范围

长度为[0-10000000]个字符。

默认取值

不涉及

响应参数

状态码:200

表8 响应Body参数

参数

参数类型

描述

vina_score

Float

对接打分结果。

参数解释

对接打分结果。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

pose

String

参数解释

对接构象。

约束限制

不涉及

取值范围

不涉及

默认取值

不涉及

请求示例

单分子预对接,受体文件为project:/dir/file,配体文件为project:/dir/file。

https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking

{
  "receptor" : {
    "receptor" : {
      "source" : "PRIVATE",
      "url" : "project:/dir/file"
    },
    "bounding_box" : {
      "center" : [ 0, 0, 0 ],
      "size" : [ 10, 10, 10 ]
    },
    "remove_water" : true,
    "remove_ion" : false,
    "remove_ligand" : false,
    "add_hydrogen" : true
  },
  "ligand" : {
    "source" : "PRIVATE",
    "url" : "project:/dir/file"
  }
}

响应示例

状态码:200

单分子预对接成功。

{
  "vina_score" : -5.05
}

状态码

状态码

描述

200

单分子预对接成功。

错误码

请参见错误码

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