单分子预对接
功能介绍
单分子预对接。
URI
POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
project_id |
是 |
String |
参数解释: 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 约束限制: 不涉及 取值范围: 仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。 默认取值: 不涉及 |
eihealth_project_id |
是 |
String |
参数解释: 空间ID。 约束限制: 不涉及 取值范围: 仅支持字母、数字、中划线和下划线,长度为[1-128]个字符。 默认取值: 不涉及 |
请求参数
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
X-Auth-Token |
是 |
String |
参数解释: 用户Token。 Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 约束限制: 不涉及 取值范围: 长度为[1-32768]个字符。 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
receptor |
是 |
ReceptorDto object |
参数解释: 受体文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
ligand |
是 |
DrugFile object |
参数解释: 配体文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
engine |
否 |
String |
参数解释: 引擎。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: AUTODOCK_VINA |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
name |
否 |
String |
参数解释: 靶点名称,仅支持target1、target2。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
receptor |
是 |
ReceptorDrugFile object |
参数解释: 受体文件。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
bounding_box |
否 |
BoundBoxDto object |
参数解释: 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
remove_ion |
否 |
Boolean |
参数解释: 去除受体中的离子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: true |
remove_water |
否 |
Boolean |
参数解释: 去除受体中的水分子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: true |
remove_ligand |
否 |
Boolean |
参数解释: 去除受体中的配体分子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: true |
add_hydrogen |
否 |
Boolean |
参数解释: 增加氢原子。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: false |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
source |
是 |
String |
参数解释: 受体数据源。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
url |
否 |
String |
参数解释: 文件URL。 约束限制: 当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 取值范围: URL仅支持.pdb结尾,长度为[1-2000]个字符 默认取值: 不涉及 |
format |
否 |
String |
参数解释: 文件格式,仅支持PDB。 约束限制: 仅数据源source为RAW时提供。 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
data |
否 |
String |
参数解释: 文件原始数据。 约束限制: 仅数据源source为RAW时提供。 取值范围: 长度为[0-10000000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
center |
是 |
Array of doubles |
参数解释: 口袋中心坐标,x、y、z轴的坐标。 约束限制: 坐标数量固定为3,坐标大小取值为[-9999999-99999999]。 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
size |
是 |
Array of floats |
参数解释: 口袋尺寸大小,x、y、z轴的大小。 约束限制: 数组长度固定为3,数组元素取值范围为[2-500]。 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
padding |
否 |
Float |
参数解释: 填充。 约束限制: 不涉及 取值范围: 0-20 默认取值: 不涉及 |
参数 |
是否必选 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|---|
source |
是 |
String |
参数解释: 受体数据源。 约束限制: 不涉及 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
url |
否 |
String |
参数解释: 文件URL。 约束限制: 当数据源source为外部网络数据时为https地址,为用户私有数据中心时为空间路径,为公共数据场景时为obs地址 取值范围: 文件仅URL仅支持以.pdb、.mol2、.sdf、.smi为结尾,长度为[1-2000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
format |
否 |
String |
参数解释: 文件格式。 约束限制: 当数据源source为RAW时提供。 取值范围:
默认取值: 不涉及 |
data |
否 |
String |
参数解释: 文件原始数据。 约束限制: 当数据源source为RAW时提供。 取值范围: 长度为[0-10000000]个字符。 默认取值: 不涉及 |
响应参数
状态码:200
参数 |
参数类型 |
描述 |
---|---|---|
vina_score |
Float |
对接打分结果。 参数解释: 对接打分结果。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
pose |
String |
参数解释: 对接构象。 约束限制: 不涉及 取值范围: 不涉及 默认取值: 不涉及 |
请求示例
单分子预对接,受体文件为project:/dir/file,配体文件为project:/dir/file。
https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/mol-docking { "receptor" : { "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "bounding_box" : { "center" : [ 0, 0, 0 ], "size" : [ 10, 10, 10 ] }, "remove_water" : true, "remove_ion" : false, "remove_ligand" : false, "add_hydrogen" : true }, "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } }
响应示例
状态码:200
单分子预对接成功。
{ "vina_score" : -5.05 }
状态码
状态码 |
描述 |
---|---|
200 |
单分子预对接成功。 |
错误码
请参见错误码。