文档首页 > > 移植指南> 教育科研> AmberTools 19 移植指南(CentOS 7.6)>

运行和验证

运行和验证

分享
更新时间:2021/01/25 GMT+08:00

操作步骤

  1. 使用PuTTY工具,以root用户登录服务器。
  2. 执行以下命令进入amber18自带的算例文件夹。

    cd /path/to/AMBER/amber18/AmberTools/benchmarks/nab

  3. 执行以下命令修改“bench_amber”文件。

    1. vi bench_amber
    2. 按“i”进入编辑模式,修改“bench_amber”文件。
      #!/bin/sh
      sander=sander.MPI
      cat<<EOF  > mdin
             benchmark a short md
      &cntrl
             igb=1, cut=20.0, rgbmax=20.0,
             tempi=50.0, temp0=100.0, tautp=0.4, ntt=1,
             ntb=0, nstlim=1000, ntpr=10,
             ntx=1, irest=0,
             ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001,
      /
      EOF
      $DO_PARALLEL $sander -O -i mdin -p $1.top -c $1.mc.x -o $1.md.o
      /bin/rm mdin restrt mdinfo
    3. 按“Esc”键,输入:wq!,按“Enter”保存并退出编辑。

  4. 执行以下命令进行并行计算。

    ./bench_amber halfam0

  5. 需要查看“halfam0.md.o”日志中的“ns/day”数值,数值越大性能越优。

    输出的结果样例如下所示。
    图1 结果样例

分享:

    相关文档

    相关产品

文档是否有解决您的问题?

提交成功!非常感谢您的反馈,我们会继续努力做到更好!
反馈提交失败,请稍后再试!

*必选

请至少选择或填写一项反馈信息

字符长度不能超过200

提交反馈 取消

如您有其它疑问,您也可以通过华为云社区问答频道来与我们联系探讨

智能客服提问云社区提问