kunpenghpcs
- 移植指南
- 基因测序
- BLAST 2.9.0 移植指南（CentOS 7.6）
- BWA 0.7.17 移植指南（CentOS 7.6）
- CNVnator 0.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
- Cufflinks 2.2.1 移植指南（CentOS 7.6）
- GATK 4.0.0.0 移植指南（CentOS 7.6）
- HISAT2 2.1.0 移植指南（CentOS 7.6）
- STAR 2.7.1a 移植指南（CentOS 7.6）
- Tophat2 2.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
- Bowtie2 2.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
- FastQC 0.11.9 移植指南（CentOS 7.6）
- Beagle 5.1 移植指南（CentOS 7.6）
- Bowtie 1.2.3 移植指南（CentOS 7.6）
- pblat 2.1 移植指南（CentOS 7.6）
- SnpEffB V4_3移植指南（CentOS 7.6）
- Velvet 1.2.10 移植指南（CentOS 7.6)
- XHMM 移植指南（CentOS 7.6)
- pysam 0.15.4 移植指南（CentOS 7.6)
- Abyss 2.2.4 移植指南（CentOS 7.6)
- Chaste 2019.1 移植指南（CentOS 7.6）
- COPASI 4.27.217 移植指南（CentOS 7.6）
- FASTA 36.3.8 移植指南（CentOS 7.6）
- gmap 2015.9.21 移植指南（CentOS 7.6)
- VarScan 2.4.2 移植指南（CentOS 7.6）
- Minimap2 移植指南（CentOS 7.6）
- bedtools 2.29.2 移植指南（CentOS 7.6)
- BEAST2 2.6.3移植指南（CentOS 7.6)
- bcftools 1.10.2 移植指南（CentOS 7.6)
- picard 2.23.3 移植指南（CentOS 7.6）
- SOAPdenovo r241 移植指南（CentOS 7.6）
- Blastz 2004-12-27 移植指南（CentOS 7.6）
- CAFE 5.0b2 移植指南（CentOS 7.6）
- fastp 移植指南（CentOS 7.6)
- GCE 1.0.2 移植指南（CentOS 7.6）
- GEMMA 0.98.1 移植指南（CentOS 7.6）
- kmergenie 1.7051 移植指南（CentOS 7.6)
- LASTZ 1.04.03 移植指南（CentOS 7.6）
- MAFFT 移植指南（CentOS7.6）
- megahit 1.2.9 移植指南（CentOS 7.6）
- PASA 2.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
- Augustus 3.3.3 移植指南（CentOS 7.6）
- Delly 0.8.5 移植指南（CentOS 7.6）
- FastTree 2.1.11 移植指南（CentOS 7.6）
- Jellyfish 2.2.10 移植指南（CentOS 7.6）
- Plink 1.9 移植指南（CentOS 7.6）
- SNAP 2013-11-29 移植指南（CentOS 7.6）
- kmersGWAS 0.2 移植指南（CentOS 7.6）
- PAML 4.9j 移植指南（CentOS 7.6）
- diamond 2.0.4 移植指南（CentOS 7.6）
- HISAT 0.1.6 移植指南（CentOS 7.6)
- MACS2 2.1.4 移植指南（CentOS 7.6）
- Trinity 2.11.0 移植指南 （CentOS 7.6）
- LDBlockshow 1.36 移植指南（CentOS 7.6）
- 教育科研
- CANU 1.8 移植指南（CentOS 7.6）
- GROMACS 2019.3 移植指南（CentOS 7.6）
- Lammps 5 Jun 2019 移植指南（CentOS 7.6）
- QUANTUM ESPRESSO 6.4.1 移植指南（CentOS 7.6）
- NAMD 2.13 移植指南（CentOS 7.6）
- VASP 5.4.4 移植指南（CentOS 7.6）
- ABINIT 8.10.3 移植指南（CentOS 7.6）
- AmberTools 19 移植指南（CentOS 7.6）
- CP2K 4.1 移植指南（CentOS 7.6）
- CP2K 7.1 移植指南（CentOS 7.6）
- NWChem 6.8.1 移植指南（CentOS 7.6）
- ROOT 6.20 移植指南（CentOS 7.6）
- Geant4 10.6 移植指南（CentOS 7.6）
- Ont-tombo 1.5.1 移植指南（CentOS 7.6）
- DL_POLY 1.10 移植指南（CentOS 7.6)
- Gamess 移植指南（CentOS 7.6）
- 气象
- WRF 3.8.1 移植指南（CentOS 7.6）
- CAMx 6.50 移植指南（CentOS 7.6）
- CESM 2.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
- NEMO V3.6 移植指南（CentOS 7.6）
- ROMS 3.6 移植指南（CentOS 7.6）
- WAVEWATCH III 6.07.1 移植指南（CentOS 7.6）
- Bifrost V1.1.1 移植指南（CentOS 7.6）
- FVCOM 4.1 移植指南（CentOS 7.6）
- MITGCM c67o 移植指南（CentOS 7.6）
- POM POM2K 移植指南（CentOS 7.6）
- MOM 6 移植指南（CentOS 7.6）
- SMOKE 4.7 移植指南（CentOS 7.6）
- SPECFEM3D GLOBE 7.0.0 移植指南（CentOS 7.6）
- CMAQ 5.3.1移植指南（CentOS 7.6）
- SWAN 41.31 移植指南（CentOS 7.6）
- CDO 1.9.8 移植指南（CentOS 7.6）
- ecCodes 2.18.0 移植指南（CentOS 7.6）
- ecFlow 5.5.2 移植指南（CentOS 7.6）
- NCEPLIBS 1.2.0 移植指南 (CentOS 7.6)
- PyFerret 7.6.0 移植指南 (CentOS 7.6)
- ncl 6.3.0 移植指南 （CentOS 7.6)
- 制造
- 超算
- 其他
- 修订记录
- 基因测序
运行和验证
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更新时间：2021/01/25 GMT+08:00
操作步骤
- 使用PuTTY工具，以root用户登录服务器。
- 执行以下命令进入amber18自带的算例文件夹。
cd /path/to/AMBER/amber18/AmberTools/benchmarks/nab
- 执行以下命令修改“bench_amber”文件。
- vi bench_amber
- 按“i”进入编辑模式，修改“bench_amber”文件。
#!/bin/sh sander=sander.MPI cat<<EOF > mdin benchmark a short md &cntrl igb=1, cut=20.0, rgbmax=20.0, tempi=50.0, temp0=100.0, tautp=0.4, ntt=1, ntb=0, nstlim=1000, ntpr=10, ntx=1, irest=0, ntc=2, ntf=2, tol=0.0000001, / EOF $DO_PARALLEL $sander -O -i mdin -p $1.top -c $1.mc.x -o $1.md.o /bin/rm mdin restrt mdinfo - 按“Esc”键，输入:wq!，按“Enter”保存并退出编辑。
- 执行以下命令进行并行计算。
./bench_amber halfam0
- 需要查看“halfam0.md.o”日志中的“ns/day”数值，数值越大性能越优。输出的结果样例如下所示。图1 结果样例
