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移植VCFtools

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更新时间:2020/08/20 GMT+08:00

介绍

简要介绍

VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具,其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现,但都不如这个工具的运算速度快。

开发语言:C/C++

一句话描述:一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具

开源协议:LGPL v3

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“vcftools-0.1.16”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel

获取源码

获取“vcftools-0.1.16”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz -O vcftools-0.1.16.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码目录。

    tar -zxvf vcftools-0.1.16.tar.gz

    cd vcftools-0.1.16

  2. 生成configure文件

    ./autogen.sh

  3. 配置生成Makefile。

    ./configure -prefix=/usr/local/vcftools

  4. 编译安装。

    make -j4

    make install

  5. 配置环境。

    1. 修改环境变量。

      vim /etc/profile

      “/etc/profile”文件末尾增加下面代码:
      export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH
    2. “Esc”,输入“wq!”保存后退出。
    3. 运行下面命令,使修改的环境变量生效。

      source /etc/profile

运行和验证

  1. 查看版本。

    查看VCFtools版本信息。

    vcftools --version

    当系统回显类似如下信息是,表示VCFtools安装成功。

    VCFtools (0.1.16)

  2. 测试数据。

    test目录下有很多例子,通过输入如下命令,进行测试。

    cd /usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples

    vcftools --vcf shuffle-test.vcf --missing-site --out ms

    当系统回显类似如下信息是,表示VCFtools能够正常使用。
    VCFtools (0.1.16)
    (C) Adam Autom and Anthony Marchetta 2009
    
    Parameters as interpreted:
            --vcf shuffle-test.vcf
            --out ms
            --missing-site
    
    After filtering, kept 2 out of 2 Individuals
    Outputting Site Missingness
    After filtering, kept 6 out of a possible 6 Sites
    Run Time = 0.00 seconds

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