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移植VarScan2

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更新时间:2020/11/02 GMT+08:00

介绍

简要介绍

VarScan2是独立于平台的突变调用程序,用于在lllumina、SOLiD、Life/PGM、Roche/454和类似仪器上生成的靶向,外显子组和全基因组数据重测序。最新版VarScan2使用Java编写,因此它可以在绝大多数平台运行。

开发语言:Java

一句话描述:突变调用程序

开源协议:MIT

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“VarScan2 v2.4.1”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y git java-1.8.0-openjdk

获取源码

获取“VarScan2 v2.4.1”码包。

cd /usr/local/src

git clone https://github.com/dkoboldt/varscan.git

运行和验证

查看jar包执行参数。

cd varscan

java -jar VarScan.v2.4.1.jar

出现类似如下回显表示VarScan2可正常使用。
VarScan v2.4

***NON-COMMERCIAL VERSION***

USAGE: java -jar VarScan.jar [COMMAND] [OPTIONS]
COMMANDS:
        pileup2snp                   Identify SNPs FROM a pileup file
        pileup2indel                 Identify indels a pileup file
        pileup2cns                   Call consensus and variants from a pileup file
        ...
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