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移植topGO

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

topGO是R语言软件包,主要用于统计转录组的统计分析,包括灵活的差异表达分析。

开发语言:R

一句话描述:基因富集分析的R语言包

开源协议:LGPL

建议的版本

建议使用版本为“topGO-2.40.0”

环境要求

硬件要求

本文以KC1实例测试,配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

Ubuntu

18.04

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.15.0

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装相关依赖。

    apt-get install -y liblapack-dev libxml2-dev libxml++2.6-dev libpng++-dev libjpeg62-dev libssl-dev gfortran libreadline-dev libxt-dev libbz2-dev liblzma-dev libghc-curl-dev libghc-zlib-dev libpcre++-dev

  2. 安装R语言。

    1. 获取“R-3.6.1”源码包。

      cd /usr/local/src

      wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

    2. 解压并进入R源码包。

      tar -zxvf R-3.6.1.tar.gz && cd R-3.6.1

    3. 编译安装R。

      ./configure --prefix=/usr/local/R-3.6.1 --enable-R-shlib

      make -j4 && make install

    4. 配置R环境变量。

      vim /etc/profile

      添加如下内容:
      export PATH=/usr/local/R-3.6.1/bin:$PATH
    5. 保存退出,执行如下命令是环境变量生效。

      source /etc/profile

编译和安装

  1. 进入R语言交互界面。

    R

  2. 执行R指令安装topGO。

    if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

    install.packages("BiocManager")

    在弹出的服务器地址中选择对应的地址号,然后回车输入。

    ...
    14:  China  (Hong Kong)  [https]
    15:  China  (Guangzhou)  [https]
    16:  China  (Lanzhou)   [https]
    17:  China   (Shanghai)  [https]
    ...

    BiocManager::install("topGO")

    中途会弹出一个信息输入提示,输入“a”回车即可。

    Making 'packages.html' ... done
    Old packages: 'boot', 'class', 'KernSmooth', 'lattice', 'MASS', 'Matrix', 
      'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'spatial'
    Update all/some/none?  [a/s/n]:

运行和验证

  1. 查看R语言库。

    library()

    在回显的R包列表会出现如下信息:

    topGO                Enrichment Analysis for Gene Ontology                     

  2. 引入topGO包。

    library("topGO")

    未出现报错信息则代表引入成功。

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