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移植Subread

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

一种通用的read对比软件,它可以对比基因组DNA-seq和RNA-seq的reads,也可以用于发现基因组突变,包括短插入缺失和结构变异。

开发语言:C

一句话描述:基因对比软件

开源协议:GPL 3.0

建议的版本

建议使用版本为“subread-2.0.1”

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y zlib-devel

获取源码

获取“subread-2.0.1”源码包。

cd /usr/local/

wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download -O subread-2.0.1.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf subread-2.0.1.tar.gz && cd subread-2.0.1-source

  2. 修改Makefile文件。

    分别修改“src/Makefile.Linux”“src/longread-one/Makefile”文件,将“CCFLAGS”设置的“-mtune=core2”删除。

    vim src/Makefile.Linux

    vim src/longread-one/Makefile

    修改前

    CCFLAGS = -mtune=core2 ${MACOS} -O${OPT_LEVEL} -Wall  -DMAKE_FOR_EXON  -D MAKE_STANDALONE -D SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"  -D_FILE_OFFSET_BITS=64

    修改后

    CCFLAGS =  ${MACOS} -O${OPT_LEVEL} -Wall  -DMAKE_FOR_EXON  -D MAKE_STANDALONE -D SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"  -D_FILE_OFFSET_BITS=64

  3. 编译Subread。

    cd /usr/local/subread-2.0.1-source/src

    make -j4 -f Makefile.Linux

  4. 设置环境变量。

    “export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。

    vim /etc/profile

    export PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH

    source /etc/profile

运行和验证

查看Subread版本信息。

subread-align -v

回显如下信息则表示Subread安装成功。

Subread-align v2.0.1
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