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移植StringTie

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

StringTie是一种快速高效的RNA-Seq序列比对组装器。它的输入不仅包括其他转录本汇编程序也可以使用短读序列的对比。为了在实验之间鉴定差异表达的基因,可以使用Ballgown,Cuffdiff或其他(DESeq,edgeR等)专用软件来处理StringTie的输出。

开发语言:C++

一句话描述:RNA-Seq组装工具

开源协议:MIT License

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“stringtie-1.3.6”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖

yum install -y zlib zlib-devel

获取源码

获取“stringtie-1.3.6”源码包。

cd /usr/local/

wget https://github.com/gpertea/stringtie/archive/v1.3.6.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    cd /usr/local/

    tar -zxvf v1.3.6.tar.gz && cd stringtie-1.3.6

  2. 编译StringTie。

    make -j4 release

运行和验证

  1. 查看StringTie版本信息。

    ./stringtie --version

    当系统回显类似如下信息是,表示StringTie安装成功

    1.3.6

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