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移植Strelka2

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

Strelka2是一种快速,准确的小变异体调用程序,已用于分析小型队列的种系变异和肿瘤/正常样本对的体细胞变异。

开发语言:C++

一句话描述:小变异体调用程序

开源协议:GPL3.0

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“Strelka2 v2.9.10”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装相关依赖。

    yum install -y wget tar bzip2 make libstdc++-static zlib-devel

  2. 安装gcc8.3。

    请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。

  3. 安装boost1.69。

    1. 下载源码。

      wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.69.0/source/boost_1_69_0.tar.gz

    2. 压缩并进入源码包。

      tar -zxvf boost_1_69_0.tar.gz

      cd boost_1_69_0

    3. 编译并安装boost。

      ./bootstrap.sh && ./b2 install -j4

    4. 安装“boost.build”

      cd tools/build

      ./bootstrap.sh && ./b2 install --prefix=/usr/local/boost

获取源码

获取“Strelka2 v2.9.10”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.10/strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -jxvf strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2

    cd strelka-2.9.10.release_src

  2. 生成makefile文件。

    mkdir build && cd build

    ../configure --prefix=/usr/local/strelka2

  3. 编译安装Strellka2。

    make -j4 && make install

运行和验证。

  1. 执行测试用例。

    cd /usr/local/src/strelka-2.9.10.release_src/src/demo

    bash /usr/local/strelka2/bin/runStrelkaGermlineWorkflowDemo.bash

    执行完毕后会在当前文件夹生成“strelkaGermlineDemoAnalysis”目录,目录下有“runWorkflow.py”文件。

  2. 查看文件版本信息。

    ./strelkaGermlineDemoAnalysis/runWorkflow.py --version

    出现如下回显,表示Strellka2安装成功。
     2.9.10

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