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移植STAR-Fusion

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更新时间:2020/08/20 GMT+08:00

介绍

简要介绍

STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。

开发语言:perl

一句话描述:融合基因鉴定

开源协议:BSD-3

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“STAR-Fusion-v1.6.0”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.3xlarge.4 | 12vCPUs | 48GB

磁盘

系统盘:高IO(80GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装相关依赖。

    yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS -y

  2. 安装STAR-2.7.0f。

    请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html安装。

  3. 安装SAMtools。

    请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpc/samtools_01_0001.html安装。

获取源码

获取“STAR-Fusion-v1.6.0”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz && cd STAR-Fusion-v1.6.0

  2. 编译STAR-Fusion。

    make -j12

运行和验证

  1. 下载测试所需的文件。

    cd /opt

    wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/__genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

    tar -zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

  2. 执行测试程序。

    cd /usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing

    gzip -d reads_1.fq.gz

    gzip -d reads_2.fq.gz

    ../STAR-Fusion --left_fq reads_1.fq --right_fq reads_2.fq --genome_lib_dir /opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir --CPU 12

    执行完毕后出会出现如下回显,并且在当前目录下生成一个“STAR-Fusion_outdir”目录,输出文件全部在该目录中。

    * STAR-Fusion complete. See output: star-fusion.fusion_candidates.tsv(or .abridged.tsv version)
    

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