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移植SnpEff

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更新时间:2020/06/18 GMT+08:00

介绍

简要介绍

SnpEff是一款常用的突变位点注释工具。这款软件基于Java语言开发,安装过程相对简单,下载后解压缩即可使用。

开发语言:Java

一句话描述:突变位点注释工具

开源协议:MIT

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“SnpEff v4_5”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装JDK1.8。

yum install -y java-1.8.0-openjdk

获取源码

获取“SnpEff”源码包。

mkdir -p /usr/local/src/snpeff && cd /usr/local/src/snpeff

wget https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

编译和安装

解压下载文件。

unzip snpEff_latest_core.zip

运行和验证

  1. 下载数据。

    cd snpEff

    java -jar snpEff.jar download GRCh38.86

    执行完毕后会在当前目录下生成一个“data/GRCh38.86”目录。

  2. 进行注释。

    java -Xmx4G -jar snpEff.jar GRCh38.86 examples/test.chr22.vcf > test.chr22.ann.vcf

    执行完毕后会在当前目录生成“test.chr22.ann.vcf”文件。

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