文档首页 > > 移植指南> 移植SeqTK

移植SeqTK

分享
更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

SeqTK是一种快速轻巧的工具,用于处理FASTA或FASTQ格式的序列。它可以无缝解析FASTQ和FASTA文件,也可以选择使用gzip对其进行压缩。

开发语言:C

一句话描述:针对FASTA/FASTQ文件进行处理的小程序

开源协议:MIT

建议的版本

建议使用版本为“Seqtk-1.3”

环境要求

硬件要求

本文以KC1实例测试,配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y zlib-devel

获取源码

获取“Seqtk-1.3”源码包。

cd /usr/local/

wget https://github.com/lh3/seqtk/archive/v1.3.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf v1.3.tar.gz && cd seqtk-1.3

  2. 编译SeqTk。

    make -j4

  3. 创建软链接。

    ln -s /usr/local/seqtk-1.3/seqtk /usr/bin/seqtk

运行和验证

查看SeqTK使用方法。

seqtk

回显如下信息表示SeqTK安装成功。

 
Usage:   seqtk <command> <arguments>
Version: 1.3-r106

Command: seq        commom transformation of FASTA/Q
         comp       get the nucleotide composition of FASTA/Q
         sample     subsample sequence
         ...        ...
分享:

    相关文档

    相关产品

文档是否有解决您的问题?

提交成功!非常感谢您的反馈,我们会继续努力做到更好!
反馈提交失败,请稍后再试!

*必选

请至少选择或填写一项反馈信息

字符长度不能超过200

提交反馈 取消

如您有其它疑问,您也可以通过华为云社区问答频道来与我们联系探讨

智能客服提问云社区提问