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移植SAMtools

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更新时间:2020/08/31 GMT+08:00

介绍

简要介绍

SAMtools是一组实用程序,用于与Heng Li编写的SAM,BAM和CRAM格式的短DNA序列读取比对进行交互并进行后处理。这些文件是由短读取对齐器(如BWA)作为输出生成的。提供了简单和高级工具,支持复杂任务,例如变体调用和对齐查看以及分类,索引,数据提取和格式转换。

开发语言:C

一句话描述:操作SAM和BAM文件的工具集合

开源协议:MIT/Expat License

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“SAMtools-1.10”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖

yum install -y bzip2 bzip2-devel ncurses ncurses-devel xz xz-devel libcurl libcurl-devel zlib zlib-devel

获取源码

获取“samtools-1.10”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    cd /usr/local/src/

    tar -jxvf samtools-1.10.tar.bz2 && cd samtools-1.10

  2. 配置生成Makefile。

    ./configure

  3. 编译SAMtools。

    make -j4 && make install

运行和验证

查看SAMtools版本信息。

samtools --version

当系统回显类似如下信息时,表示SAMtools安装成功。

samtools 1.10
Using htslib 1.10
Copyright (c) 2019 Genome Research Ltd.

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