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移植RSEM

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更新时间:2020/08/20 GMT+08:00

介绍

简要介绍

RSEM是用于从RNA-Seq数据分析的软件包。 RSEM软件包提供了用户友好的界面,支持用于EM算法,单端和双端读取数据,质量得分,可变长度读取和RSPD估计的并行计算的线程。

开发语言:C++

一句话描述:RNA-Seq分析软件包

开源协议:GPL3.0

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“RSEM v1.3.1”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装Perl,版本要求不低于5.8.8。

    请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/perl_01_0001.html安装。

  2. 安装R,版本要求不低于3.3.1。

    yum install R -y

获取源码

获取“RSEM v1.3.1”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf v1.3.1.tar.gz

    cd RSEM-1.3.1

  2. 编译安装RESM。

    make -j4 && make install prefix=/usr/local/rsem

  3. 设置环境变量。

    “export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。

    vim /etc/profile

    export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH

    source /etc/profile

运行和验证

测试RSEM是否安装完成。

rsem-calculate-expression --version

返回内容如下所示,表示安装已经完成。

[root@ecs ~]# rsem-calculate-expression --version
Current version: RSEM v1.3.1
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