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移植randfold

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更新时间:2020/08/31 GMT+08:00

介绍

简要介绍

randfold是一个独立的基因测序相关软件,它从原始序列开始随机显示其核苷酸顺序。它根据改组后的序列计算推断结构的最小自由能(MFE),并多次重复计算以建立最小自由能(MFE)值的分布。

开发语言:C

一句话描述:基因序列二级结构随机测试软件

开源协议:GPL 2.0

建议的版本

建议使用最新版本,此处以“randfold2.01”版本为例说明

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y git

获取源码

获取“randfold”源码包。

cd /usr/local/

git clone https://github.com/eb00/randfold.git

编译和安装

  1. 编译squid。

    cd randfold/src/squid-1.9g

    ./configure && make

  2. 编译randfold。

    cd ../

    make

    编译完成后会生成可执行文件“randfold”

  3. 设置软连接。

    ln -s /usr/local/randfold/src/randfold /usr/bin/randfold

运行和验证

执行如下测试命令。

randfold -d let7.tfa 999

当系统回显类似如下信息时,表示randfold执行成功。

cel-let-7       -42.90  0.001000
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