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移植Picard

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更新时间:2020/11/02 GMT+08:00

介绍

简要介绍

一组Java命令行工具,用于处理高通量排序(HTS)数据和格式

开发语言:Java

一句话描述:Java命令行工具

开源协议:MIT

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“picard-2.23.0”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y git java-1.8.0-openjdk

获取源码

获取“picard-2.23.0”源码包。

cd /usr/local/src

git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git

编译和安装

  1. 进入Picard目录。

    cd picard

  2. 编译Picard。

    ./gradlew shadowJar

    编译完成后会在“build/libs”目录里面生成“picard.jar”文件。

运行和验证

执行以下命令行查看Picard所包含的所有工具以及对应的简介。

java -jar build/lib/picard.jar -h

执行完毕后会回显类似如下信息:

USAGE: PicardCommandLine <program name> [-h]

Available Programs:
-------------------------------------------------------------------
Base Calling:                                 Tools that process sequencing machine data, e.g. Illumina base calls,and detect...
  adapters
     CheckIlluminaDirectory                   Asserts the validity for specified Illumina basecalling data.
     CollectIlluminaBasecallingMetrics        Collects Illumina Basecalling metrics for a sequencing run.
     ...
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