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移植Oases

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更新时间:2020/11/02 GMT+08:00

介绍

简要介绍

Oases是一个转录组组装器,旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本。

开发语言:C

一句话描述:基因组装软件

开源协议:GPL 3.0

建议的版本

建议使用版本为最新版本,此处以“oases0.2.09”版本为例说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y git

获取源码

获取“oases”源码包。

cd /usr/local

git clone --recursive https://github.com/dzerbino/oases

编译和安装

  1. 修改Makefile文件,将“/usr/local/oases/velvet/Makefile”"中的“CFLAGS”后面的“-m64”删除。

    修改前:

    CFLAGS = -Wall -m64

    修改后:

    CFLAGS = -Wall 

  2. 编译Oases。

    make -j4

    编译完成后会在“oases”目录下生成可执行程序Oases。

  3. 设置软连接。

    ln -s /usr/local/oases/oases /usr/bin/oases

运行和验证

查看Oases版本信息。

oases --version

回显如下信息则表示Oases安装成功。

oases 0.2.09
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