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移植MusiC

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

MuSiC是一种反卷积方法,它利用跨学科的scRNA-seq来估计大量RNA-seq数据中的细胞类型比例。

语言:R

一句话概述:一种反卷积方法

开源协议:GPL(>=3)

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“MuSiC-0.1.1”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以KC1实例测试,配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装依赖。

    yum install zlib-devel bzip2-devel lzma xz-devel curl-devel readline-devel libXt-devel gcc-libgfortran libX11-devel pcre-devel libxml2-devel -y

  2. 安装R语言。

    cd /usr/local/src

    wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz

    tar -zxvf R-3.6.1.tar.gz && cd R-3.6.1

    ./configure

    make -j4 && make install

编译和安装

  1. 进入R语言交互界面。

    R

  2. 执行R指令安装devtools。

    install.packages('devtools')

    在弹出的服务器地址中选择对应的地址号,然后回车输入。

    ...
    14:  China  (Hong Kong)  [https]
    15:  China  (Guangzhou)  [https]
    16:  China  (Lanzhou)   [https]
    17:  China   (Shanghai)  [https]
    ...

  3. 安装MuSiC。

    devtools::install_github('xuranw/MuSiC')

    首次安装可能失败,如果失败,则重复此步骤,再次安装。

运行和验证

  1. 查看MuSiC库。

    help(package='MuSiC')

    回显信息如下。
                   Information on package 'MuSiC'
                          
    Description:
    
    Package:             MuSiC
    Type:                Package
    Title:               Multi-subject single cell deconvolution
    Version:             0.1.1
    ...

  2. 引入goseq包。

    library("MuSiC")

    未出现报错信息则代表引入成功。

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