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移植MISO

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更新时间:2020/06/18 GMT+08:00

介绍

简要介绍

MISO(同工型混合物)是一种概率框架,可从RNA-Seq数据中定量分析可变剪接基因的表达水平,并鉴定样品中差异调控的同工型或外显子。通过从RNA-Seq中的同工型产生读数的生成过程进行建模,MISO模型使用贝叶斯推断来计算读数源自同工型的可能性。

开发语言:Python

一句话描述:可变剪切分析工具

开源协议:MIT

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“MISO-0.5.4”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install gcc gcc-c++ gcc-gfortran python36 python36-devel python36-numpy python36-numpy-f2py libjpeg-turbo-devel freetype-devel bzip2 bzip2-devel libpng libpng-devel openblas openblas-devel xz xz-devel -y

编译和安装

安装misopy。

pip3 install misopy

运行和验证

  1. 查看python模块安装列表。

    pip3 list

    cycler (0.10.0)
    kiwisolver(1.2.0)
    matplotlib(3.2.1)
    misopy(0.5.4)

  2. Python中引入misopy模块使用。

    python3

    import misopy as mis

    print(mis.__version__)

    打印出如下信息,说明misopy可以正常使用

    0.5.4

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