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移植mirDeep2

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更新时间:2020/11/30 GMT+08:00

介绍

简要介绍

mirDeep2是用于在深度测序数据中鉴定未知和已知miRNA的软件包。此外,它可用于跨样品的miRNA表达谱分析。

开发语言:perl

一句话描述:miRNA分析程序

开源协议:GPL 3.0

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“mirdeep2-0.1.2”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装相关依赖。

    yum install -y gcc gcc-c++ make cmake perl-ExtUtils-CBuilder perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Digest-MD5 perl-autodie perl-CPAN perl-CPAN-Meta-Requirements

  2. 安装相关perl包。

    perl -MCPAN -e shell

    进入命令终端,输入如下命令进行安装perl包。

    install Compress::Zlib

    安装过程中,针对界面弹出所有的配置项询问,全部按回车键,安装完后按“Ctrl”+“D”或者输入“Exit”退出perl终端。

获取源码

获取“mideep2-0.1.2”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.2.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf v0.1.2.tar.gz && cd mirdeep2-0.1.2

  2. 修改安装脚本。修改地391行,在“./configure”后面加上“--buid=arm”

    vim install.pl

    修改前
    `./configure --prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir`;

    修改后

    `./configure --build=arm --prefix=$dir/essentials/ViennaRNA-1.8.4/install_dir`;

  3. 执行安装脚本。

    perl install.pl

    如果是首次安装,该命令需要连续执行两次。

  4. 重新加载环境变量。

    source ~/.bashrc

  5. 安装Bowtie

    3中,执行perl install.pl会自动安装Bowtie,但是安装的是x86的二进制文件,无法执行。在本步骤通过源码安装进行替换,具体方法请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpc/bowtie_01_0001.html

  6. 移除安装mirDeep2时自动安装的Bowtie相关文件。

    rm -rf /usr/local/src/mirdeep2-0.1.2/bin/bowtie*

运行和验证

执行测试脚本。

cd tutorial_dir/

bash run_tut.sh

执行完毕后,出现类似如下回显信息,表示安装正常。

...

fasta and bed files have been created in subfolder mirna_results_11_06_2020_t_14_44_20

miRDeep runtime:

startrd: 14:44:20
ended: 14:45:05
total: 0h:0m:45s

...
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