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移植miRanda

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

miRanda是一种用于寻找microRNA基因组靶标的算法。该算法已用C语言编写,可以作为GPL下的开源方法使用。

开发语言:C/C++

一句话描述:寻找microRNA基因组靶标的算法

开源协议:GPL

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“miRanda-3.3a”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y wget

获取源码

获取“miRanda-3.3a”源码包。

cd /usr/local/src

wget http://cbio.mskcc.org/microrna_data/miRanda-aug2010.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf miRanda-aug2010.tar.gz

    cd miRanda-3.3a

  2. 生成Makefile文件。

    ./configure --prefix=/usr/local/miRanda --host=arm-linux --build=arm-linux

  3. 编译安装miRanda。

    make -j4 && make install

运行和验证。

查看miRanda版本信息。

/usr/local/miRanda/bin/miranda --version

回显类似如下信息代表miRanda安装成功。

=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
miranda v3.3a     microRNA Target Scanning Algorithm
=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-==-=-=-=-=-=-=
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