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移植Minimap2

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

Minimap2是一种多功能序列比对程序,可将DNA或mRNA序列与大型参考数据库对齐。

语言:C/C++

一句话描述:多功能序列比对程序

开源协议:MIT

建议的版本

建议通过git下载最新版本。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装wget工具。

    yum install wget -y

  2. 安装Minimap2依赖库和工具。

    yum install -y git gcc-c++ zlib -y

获取源码

获取“minimap2”源码包。

cd /usr/local/src

git clone https://github.com/lh3/minimap2

编译和安装

编译Minimap2。

由于鲲鹏是兼容ARM v8 64位指令集,因此编译方式如下:

cd minimap2/

make arm_neon=1 aarch64=1

运行和验证

查看minimap2的版本信息。

cd /usr/local/src/minimap2

./minimap2 --v

回显内容如下,表示编译正常。

2.17-r954-dirty
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