文档首页 > > 移植指南> 移植HTSlib

移植HTSlib

分享
更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

HTSlib是一个C库,用于读取和写入高通量测序数据。 HTSlib是SAMtools使用的核心库。 HTSlib还提供了bgzip,htsfile和tabix实用程序。

开发语言:C

一句话描述:一款用于读取和写入高通量测序数据的C库

开源协议:GNU

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“htslib-1.10.2”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

获取源码

获取“htslib-1.10.2”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2

编译和安装

  1. 解压并进入源码目录。

    tar -jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2

    cd htslib-1.10.2

  2. 配置生成Makefile。

    ./configure

  3. 编译安装。

    make -j4

    make install

运行和验证

查看HTSlib引用程序版本信息。

bgzip --version

htsfile --version

tabix --version

当系统回显类似如下信息是,表示HTSlib安装成功。

[root@ecs ~]# bgzip --version
bgzip (htslib) 1.10.2
Copyright (c) 2019 Genome Research Ltd.
[root@ecs ~]# htsfile --version
htsfile (htslib) 1.10.2
Copyright (c) 2019 Genome Research Ltd.
[root@ecs ~]# tabix --version
tabix (htslib) 1.10.2
Copyright (c) 2019 Genome Research Ltd.
分享:

    相关文档

    相关产品

文档是否有解决您的问题?

提交成功!非常感谢您的反馈,我们会继续努力做到更好!
反馈提交失败,请稍后再试!

*必选

请至少选择或填写一项反馈信息

字符长度不能超过200

提交反馈 取消

如您有其它疑问,您也可以通过华为云社区问答频道来与我们联系探讨

智能客服提问云社区提问