文档首页 > > 移植指南> 移植HTSeq

移植HTSeq

分享
更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

HTSeq是使用Python编写的一支用于进行基因Count表达量分析的软件,能根据SAM/BAM比对结果文件和基因结构注释GTF文件得到基因水平的Counts表达量。HTSeq进行Counts计算的原理简单易懂,容易上手。

语言:Python

一句话描述:用于基因Count表达量分析的python库

开源协议:GPL3.0

建议的版本

  • 已在鲲鹏云服务器上验证过“HTSeq-0.12.4”版本,请根据实际需要选择版本。
  • 本文档以“HTSeq-0.12.4”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以KC1实例测试,配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install python36 python36-devel openblas python36-numpy python36-Cython bzip2-devel xz-devel zlib-devel -y

编译和安装

安装HTSeq。

pip3 install HTSeq

运行和验证

  1. 查看Python模块安装列表。

    pip3 list

    ...
    HTSeq   (0.12.4)
    ...

  2. Python中引入HTSeq模块。

    python3

    import HTSeq as ht

    print(ht.__version__)

    出现类似如下回显表示HRSeq可以成功使用。

    0.12.4

分享:

    相关文档

    相关产品

文档是否有解决您的问题?

提交成功!非常感谢您的反馈,我们会继续努力做到更好!
反馈提交失败,请稍后再试!

*必选

请至少选择或填写一项反馈信息

字符长度不能超过200

提交反馈 取消

如您有其它疑问,您也可以通过华为云社区问答频道来与我们联系探讨

智能客服提问云社区提问