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移植GMAP

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

GMAP是mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。

开发语言:C/C++

一句话描述:RNA对比软件

开源协议:在源码包“COPYING”文件中提供。

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“gmap-2015-09-21”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

获取源码

获取“gmap-2015-09-21”源码包。

cd /usr/local/src

wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    cd /usr/local/src/

    tar -zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz && cd gmap-2015-09-21/

  2. 配置生成Makefile。

    ./configure --prefix=/usr/local/GMAP --build=arm-linux

  3. 编译和安装。

    make -j4 && make install

  4. 配置GMAP环境。

    1. 在文件“/etc/profile”末尾添加如下内容。
      export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin
    2. “Esc”,并且输入“wq!”保存退出。
    3. 输入如下命令,使环境变量生效。

      source /etc/profile

运行和验证。

查看GMAP版本信息。

gmap --version

回显类似如下信息,代表GMAP安装成功。

GMAP version 2015-09-21 called with args: gmap --version

GMAP Genomic Mapping and Aligment Program
Part of GMAP package, version 2015-09-21
Build target: arm-unknown-linux-gnu
Features: pthreads enabled, alloca available, zlib available, mmap available, littleendian, sigaction available,64 bits available
Popcnt: builtin_popcount
Builtin functions: bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount
...
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