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移植指导

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更新时间:2020/06/18 GMT+08:00

介绍

简要介绍

Delly是一种集成的结构变异(SV)预测方法,可以在短期读取的大规模并行测序数据中以单核苷酸分辨率发现基因分型和可视化缺失、串联重复、倒位和易位等缺陷。它使用配对末端,拆分阅读和阅读深度来敏感而准确地描绘整个基因组的重排。

开发语言:C++

一句话描述:SV检测程序

开源协议:BSD-3

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“delly-0.8.3”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装相关依赖。

    yum install -y autoconf boost boost-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

  2. 安装HTSlib。

    cd /usr/local/src

    wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2

    tar -jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2

    cd htslib-1.10.2

    ./configure

    make -j4

    make install

    ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3

    sudo ldconfig

获取源码

获取“delly-0.8.3”源码包。

cd /usr/local

wget https://github.com/dellytools/delly/archive/v0.8.3.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码包。

    tar -zxvf v0.8.3.tar.gz && cd delly-0.8.3

  2. 编译Delly。

    make all

  3. 设置软连接。

    ln -s /usr/local/delly-0.8.3/src/delly /usr/bin/delly

运行和验证。

查看Delly版本信息。

delly --version

出现类似如下回显,表示Delly安装成功。

 Delly version: v0.8.3
  using Boost: v1.53.0
  using HTSlib: v1.10.2
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