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移植Control-FREEC

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更新时间:2020/08/06 GMT+08:00

介绍

简要介绍

Control-FREEC是使用居里研究所(巴黎)生物信息学实验室最初开发的深度测序数据检测拷贝数变化和等位基因失衡(包括LOH)的工具。

开发语言:C/C++

一句话描述:CNV变异检测工具

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“FREEC-11.5”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

获取源码

获取“FREEC-11.5”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/BoevaLab/FREEC/archive/v11.5.tar.gz -O FREEC-11.5.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码目录。

    tar -zxvf FREEC-11.5.tar.gz

    cd FREEC-11.5

  2. “Makefile.freec”中内容“-m64”去掉。

    cd src

    sed -i 's/-m64/ /g' Makefile.freec

  3. 编译安装。

    make -j4

    cp /usr/local/src/FREEC-11.5/src/freec /usr/bin/

运行和验证

查看版本。

freec

当系统回显类似如下信息是,表示Control-FREEC安装成功。

[root@ecs ~]# freec
Control-FREEC V11.5 : a method for automatic detection of copy number alterations, subclones and for accurate estimation of contamination and main ploidy using deep-sequencing data

        Please specify a config file
Usage:

        freec -conf <config file>

        See config.txt for example
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