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移植CNVkit

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更新时间:2020/11/30 GMT+08:00

介绍

简要介绍

CNVkit是一个Python库和命令行软件工具包,用于研究CNV(Copy number variation)拷贝数变异的软件。

官网地址:https://cnvkit.readthedocs.io/en/stable/

开发语言:Python

一句话描述:CNV分析工具

开源协议:Apache License 2.0

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“cnvkit-0.9.7”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

Ubuntu

18.04

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.15.0

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装依赖包。

    apt-get install python3-pip python3-numpy python3-scipy python3-matplotlib cython zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev -y

  2. 安装cython。

    版本必须高于或等于0.28.5。

    cd /usr/local/src

    wget https://github.com/cython/cython/archive/0.29.19.tar.gz -O cython-0.29.19.tar.gz

    tar -zxvf cython-0.29.19.tar.gz

    cd cython-0.29.19

    python3 setup.py install

  3. 安装pomegranate。

    pip3 install pomegranate

获取源码

获取“cnvkit-0.9.7”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/etal/cnvkit/archive/v0.9.7.tar.gz -O cnvkit-0.9.7.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码目录。

    tar -zxvf cnvkit-0.9.7.tar.gz

    cd cnvkit-0.9.7

  2. 编译安装。

    python3 setup.py install

运行和验证

  1. 查看Python所安装的库是否包含CNVkit。

    pip3 list | grep CNVkit

    回显信息如下,则表示包含CNVkit。
    CNVkit (0.9.7, /usr/local/lib/python3.6/dist-packages/CNVkit-0.9.7-py3.6.egg

  2. 测试CNVkit是否安装成功。

    cnvkit.py version

    回显信息如下,则表示安装成功。

    0.9.7

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