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移植BreakDancer

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更新时间:2020/11/30 GMT+08:00

介绍

简要介绍

BreakDancer是一个C++软件包,可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测。它包括两个补充程序,BreakDancerMax预测五种类型的结构变异;BreakDancerMini专注于使用正态映射的读取对检测小插入缺失。

开发语言:C++

一句话描述:结构变异检测软件

开源协议:GPLv3

建议的版本

建议使用版本为最新版本,此处以“BreakDance-1.4.5”版本为例说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

  1. 安装相关依赖。

    yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc -y

  2. 安装gcc8.3。

    请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。

获取源码

获取“BreakDancer”源码包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive https://github.com/genome/breakdancer.git

编译和安装

  1. 创建“build”目录。

    cd breakdancer

    mkdir build && cd build

  2. 创建Makefile文件。

    cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer

  3. 编译安装BreakDancer。

    make -j4 && make install

运行和验证

查看可执行程序帮助信息。

/usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max --help

当系统回显类似如下信息时,表示BreakDancer安装成功执行成功。

breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty (comit 4e44b43-dirty)

usage: breakdancer-max <analysis.config>

Options:
       -o STRING            operate on a single chromesome  [all chromosome]
       -s INT               minimum length of a region [7]
       ...                  ...

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