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移植BLAT

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更新时间:2020/11/30 GMT+08:00

介绍

简要介绍

BLAT,全称The BLAST-Like Alignment Tool,可以称为"类BLAST比对工具"。BLAT是为分析和比较DNA,RNA和蛋白质等生物序列而开发的多种算法之一,其主要目的是推断同源性以发现基因组序列的生物学功能。

开发语言:C

一句话描述:类BLAST比对工具

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“blat-35.1”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装依赖。

yum install zlib-devel tbb-devel libpng-devel -y

获取源码

获取“blat-35.1”源码包。

cd /usr/local/src/

wget https://github.com/djhshih/blat/archive/v35.1.tar.gz -O blat-35.1.tar.gz

编译和安装

  1. 解压并进入源码目录。

    tar -zxvf blat-35.1.tar.gz

    cd blat-35.1

  2. 编译安装。

    make -j4

运行和验证

  1. 查看工具。

    cd /usr/local/src/blat-35.1/bin

    ls

    工具回显信息如下:

    blat  faToTwoBit  gfClient  gfServer  pslPretty  pslReps  pslSort  twoBitInfo  twoBitToFa  webBlat

  2. 测试BLAT是否安装成功。

    cd /usr/local/src/blat-35.1/bin

    ./blat

    回显信息如下,则表示安装成功。

    blat - Standalone BLAT v. 35 fast sequence search command line tool
    usage:
        blat database query [-ooc=11.ooc] output.psl
    where:
    ...

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