文档首页 > > 移植指南> 移植BCFtools

移植BCFtools

分享
更新时间:2020/11/30 GMT+08:00

介绍

简要介绍

BCFtools是一组实用程序,以Variant Call Format(VCF)及其二进制副本BCF处理变量调用。 所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。

开发语言:C/C++

一句话描述:一款专门操作VCF文件的工具

开源协议:GNU

建议的版本

根据实际需要选择版本,本文档以“bcftools-1.9”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试,云服务器配置如表1所示。

表1 云服务器配置

项目

说明

规格

kc1.large.2 | 2vCPUs | 4GB

磁盘

系统盘:高IO(40GB)

操作系统要求

操作系统要求如表2所示。

表2 操作系统要求

项目

说明

下载地址

CentOS

7.6

在公共镜像中已提供。

Kernel

4.14.0-115

在公共镜像中已提供。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

获取源码

获取“bcftools-1.9”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2

编译和安装

  1. 解压并进入源码目录。

    tar -jxvf bcftools-1.9.tar.bz2

    cd bcftools-1.9

  2. 配置生成Makefile。

    ./configure --prefix=/usr/local/bcftools

  3. 编译安装。

    make -j4

    make install

  4. 配置环境。

    1. 修改环境变量

      vim /etc/profile

      “/etc/profile”文件末尾增加下面代码:
      export PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH
    2. “Esc”,输入“wq!”保存后退出。
    3. 运行下面命令,使修改的环境变量生效。

      source /etc/profile

运行和验证

  1. 测试数据。

    “test”目录下有很多例子,通过输入如下命令,进行测试。

    cd /usr/local/src/bcftools-1.9

    make test

    当系统回显类似如下信息是,表示BCFtools测试成功。
    Number of test:
        total   .. 823
        passed  .. 823
        failed  .. 0

  2. 查看版本。

    查看BCFtools版本信息。

    bcftools --version

    当系统回显类似如下信息是,表示BCFtools安装成功。

    bcftools 1.9
    Using htslib 1.9
    Copyright (c) 2018 Genome Research Ltd.
    License Expat: The MIT/Expat license
    This is free software: you are free to change and redistribute it.
    There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

分享:

    相关文档

    相关产品

文档是否有解决您的问题?

提交成功!非常感谢您的反馈,我们会继续努力做到更好!
反馈提交失败,请稍后再试!

*必选

请至少选择或填写一项反馈信息

字符长度不能超过200

提交反馈 取消

如您有其它疑问,您也可以通过华为云社区问答频道来与我们联系探讨

智能客服提问云社区提问