# gcs sub repjob #### 功能 提交一组并行的 shell 脚本，作为多个 job 在后台执行。 #### 语法 **gcs sub repjob** FILENAME \[params\] rejob可以简写为rjb，即： **gcs sub rjb** FILENAME \[params\] #### 参数说明 表1参数说明 | 参数名称 | 是否必选 | 简写 | 描述 | |:---|:---|:---|:---| | FILENAME | 是 | 不涉及 | 执行job的脚本文件路径。 如果是cci环境，该脚本内的使用到的其他脚本需要上传到sfs上，这些脚本需要以sfs上的绝对路径的形式引用。 | | --cpu | 否 | -c | 所需CPU核数，单位为C。此处填写"数字"，数字支持小数，默认值为"1"。 须知： 请确保请求CPU核数，小于容器集群中最大节点剩余核数大小。 | | --memory | 否 | -m | 所需内存资源大小，单位为G。此处填写"数字+单位"，默认值为"1G"。 - 数字支持小数。 - 单位为G或是g。 例如，需要内存大小为4G，则此处可填写为"4G"或是"4g"。 须知： 请确保请求内存量，小于容器集群中最大节点剩余内存大小。 | | --shell | 否 | -s | job 使用的 linux 脚本 shell 环境，如 sh / bash /zsh。 默认值为"sh"。 | | --tool | 否 | -l | job 使用的工具。工具支持公有或者私有容器镜像，为简化使用，基因容器服务工具仓库集成了常见镜像，读者可以直接使用。 默认使用 "bwa:0.7.12"，安装了 bwa 0.7.12。 | | --name | 否 | -n | 对此 job 指定名称。 | | --timeout | 否 | -t | execution超时时间单位分钟，默认一天（1440分钟）。 | | --obs-path | 否 | -o | 支持多盘挂载，通过逗号分隔。 --obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2 mountPath 是容器内的挂载路径。 PvcName 是对应的pvc名称。 | | --sfs-path | 否 | -f | 支持多盘挂载。 --obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2 mountPath 是容器内的挂载路径。 PvcName 是对应的pvc名称。 | | --ref-path | 否 | -r | 支持多盘挂载。 --obs-path mountPath1:pvcName1,mountPath2:pvcName2 mountPath 是容器内的挂载路径。 PvcName 是对应的pvc名称。 | #### 注意事项 - 提交多个并行 shell 脚本具体格式如下： 首先准备需要并行的单一脚本 bwa_mem.sh，对 fastq 原始文件，执行 bwa mem 命令，进行基因序列比对。 ``` # cat bwa_mem.sh fastq=$1 ref=$2 bwa mem $ref $fastq ``` 然后准备调用单一脚本的并行脚本 bwa_mem_work.sh。其中，bwa_mem.sh 可以是相对路径，要求与 bwa_mem_work.sh 在同一路径下，也可以是绝对路径。 - Tools 如果希望调用基因容器服务工具仓库，请在[https://console.huaweicloud.com/gcs/?region=cn-north-1#/app/tools/list](https://support.huaweicloud.com/clir-gcs/gcs_clir_04_0001.html)，选择需要的软件。软件名称、版本，按照 \[软件名称:软件版本\] 格式填写即可。 #### 使用示例 提交 bwa_mem_work.sh，执行 bwa 比对任务。 ``` # cat bwa_mem_work.sh sh bwa_mem.sh /obs/sample/R1.fq.gz /obs/reference/hg19.fa >/obs/R1.sam sh /root/go/src/kubegene/cli/bin/bwa_mem.sh /obs/sample/R2.fq.gz /obs/reference/hg19.fa >/obs/R2.sam ``` 示例执行结果在OBS 桶中，R1.sam、R2.sam 文件，如下所示。 ![](https://support.huaweicloud.com/clir-gcs/zh-cn_image_0133008053.png "点击放大")